High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by erb
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 119129
Chr: 11
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-79C16 : RP24-138P24 : RP24-469M22 : RP24-93P14 : RP24-392B7 : RP24-574I18 : RP24-439B13 : RP24-447H18 :
Instance: Plate 144: Well D02: BACs RP24-79C16 RP24-93P14 RP24-469M22 RP24-138P24
Instance: Plate 199: Well F05: BACs RP24-79C16 RP24-93P14 RP24-469M22 RP24-138P24
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 6643773 6643822 50 ATTTTCTTAGCTTCTAAAGAATCAGTTTCAGAGCGTTGCATGGTGGCTCA
U5 6637474 6637523 50 CCAAAGCAAAGCAAACCAAACCAAGCCAAACTAAGAAAACCAGAAAACCT
U3 6637424 6637473 50 AGTCAAGCCTTTGAGGAGCCTTAAAGGTGAACAAACCAAACCAAACCAAA
D5 6636497 6636546 50 GGTCCATTGTTCATTGACATTCACTTCTACAGTGAGTGGCCACAGAAAGT
D3 6636374 6636423 50 ATGTGAGCTCATGTTCTTAACTTTGAGCACTTTACTGTTTGCTCAGGTTC
G3 6632218 6632267 50 AAATTGCTATAAAACACTACCCTAGTCTGATCCAGTTCATTTGAGATGCA
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 6521378 6552527 31150 TGGCCAGTTCTGTGATAGACTTACTTCTTTTGCTTACAATGACACATTTTTAGGTATTGGAGAAAAGAAAGAAAACAATGACAAATAAACCTACAGTTTTTCTTCAGAAAAATTATTTCTAGCCAGTAAGGCTCCAACCCTTCTACCATTCTTCAACAAGTTTCTGGTGATGTGGCGTTGTCCCTAAGTCTCAGAACAGTCCTGAGTCCAGATCCTGTTCTAATGCCACTGACTCTCTTCTGAAGACACTGATTCTTCTGTGCATGTAGTGACTCAGGTCTGAGGAGCTATGGGGAAAGGGCACTTTGACTGAGAGCCCAGCATCACGAAGGGCAAATGGTGTGATGAGAGTGACTGTCATTACTTGTGCAAAGTCTCTCCACCTCTCATAGCCTCTGATAGGGAAATGGAAAACCCAGTGGAAGGAGGTGAGCTGGGCCTGGAGAAGCGGCTGTCTAAAGGGCTGAGGAGACAGGGCAAGCACTGCAGTAATCCCAGTCCCTGGCAGGACTGGGTGGCTGCAGCTTCACGTCCTTAGACCTTATGTTTGCACACACAGTGGGATTAGCGTAGAGTCTCAAAGAACGCTGGTGCCTCACACAGGAAGAAGTGGAGCTCTGCACTGAGGGAGCCTGCTTGGAAGCTGCGGGCATGGGGCCTCTCCGACTCTGCATATCTAGGCACAGAGGCTTTAGAGCTGCAGTTTTCAAACCTGGACAGCAGCAAACCCCACCATCATTTTACACCATAAAGACCTGGTTCCAGACCTCAGAGATAATTTAGAAGGCAACCGTGCTTGCTAAGCCCGGTGAATGGAGAAAAATGACTTCTGTAAGGTGTACTCCAACTTCTGCATGCATTCTATACGAACACAGGCAAAACAAGTTAACTATTTAAAACCACAAACACTCCGTCTCTACTGGGATTGTCTTATAACTAACTCTGTAAAACAATGTTCAGTCTTCTATTTTAAGACTTTTGGGCTAGTGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCACTGACTGCTCTGAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGCCGCTCACAACCATCTGTAATGAGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTCATACAATAAATCAATCTTTGGGTCAGAGTGAGTGGGGCTGGAGCAAGCAGAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCATATGATGGCTCACAATTATCTGTACAGCTACAGTATACTTACATACATAAATAATTATTAAAAACCAACAACTCAGAACTCAAACCTCATAGACTAGGAGTTTATTAAGTTTATTTTATGGGCTGGTCAGTGGTGGTGCATGCCTTTAATCCTAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCGGAAAAACACAAAACAAAACAAAACTTTATTTTATGAGCTATCTACTCAGAAGAGACAAGTGAGTCTGACCTAATGCTGTATAATCTATGTAACATGCTTAACAAGAAAGAGTTCTTTCTATACTATCTATCCTGTTAAAAATAGCCACATCTTACAGTGATTTAAAACCTACAACATTTAGCCCAACCTTTATCACATGGACTAGGAAGTGAGGGTCAGTCTGGCCAGTGCAGGTTTGTACCCCACTTAGCTGATGGAACCCAGGGAAGAGCTGTGTGAAGGAGTCTTTCCTCACACTGGACACAAAGTGGCTGTGGTTGAGTAGGGCTGCAGAATCACACAAATAGGCCTTATCTCATCCTCACTTTTATTCTTTGAAGGTCTGAATGTGGCAAGAATGTAGTCCTAGGTCTAGGGACCCTCCATTAACCATACTGCATCTCTTCTGACTTCAAGGAAGTACAATGGGCAACCAGATATTGAGAGATTGGTAGGGATCTAAGTCAAGGCTCTGCTGTTGAGCAGGAAGTACCAAGGGAACTGGGAAGAAGCAGGCTCATCTCCTCTACTCCTGATAGCAGGCCAGTGTTGGGCTGCTTGTCTCTGAAGTACCTAACAGGCTCCTGAGAGGATAAACAGAAAGCACAGCAGGGTTCTTTGAAAACTAGAGTAAGAAATGCCAAGGGAATGCCTTGGGGGGGGGGGGGTACATACATACTTATAATCTCAACATGCAGGAGGCAGAGGCAGGTGGATCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACGTGGGAGGCAGGCGGGTGGTGGGAGATAGATATCTATGGAGGACAGCCAGGGTTTCACAGAGAAACCCTATCTTGAAAAACTAACCCCCTAGCCCCAACCCAAATGCCCAAAGCCCTGTCTACAGTCATTACCAGTGGCTACCCCGCCCTGCCCATCCCCCATGCACACAGTAACTGCTCACCTGACTATCAACTAGCTTGACAAGTCGCTGAAAGCGAGCATCCTCTGCAAGCAAGGCCTTTTCCTTTGGCTTCTCAGACAGCAGGTAGGACAGGCGGATGAGGATGAGGGCCGCGTGATTGTGGTGCAGGCTATGGTCAGAACCCAGCAGCTCCAGCAGCTGCTCTGGTCTGGAGGCTTTCTCAATGAGGAAGTCCAGCTCTTGGTGCTCTGGGTACGGAGTAAACACCTGCTCTTTCCCCAACAGCTCCGCCAAGGAGCCCGAGGAGGGGGAACTGACAGAGGACGTCAAAGTCTTGCAGGACACTCCAGCAAGTCTCAGTCGGCCAACTGGGGCAACAGTAGGAACTAGGCGGGTAGCCTCTCGAAGCAGGCAGGTACACCGCTTCATCAGGCGAACGGCCATGATGCTGGGCGCAGGGAAGAGGGAGGGAGGGAGGGAAGACTCCTAGTAGGTGACTCCGAAGTCCTGAAAAGAAAACGGAGTATTACAGGACACCATGACAACGGCAGGAAGACCCAGCGATTCTAAACAACTGCCCTCAATCATTACAGCCATTACATATGAGACAGCACTTTCTGAAGCATAAGTCTCGGGAGCTTCTGCTTCAGGAGAGAGTGGTCAGATAGCACAGCTCGGCATTCAGCCCCGGACGCACCAGGCCTGGTTGTACTTTCAAACTCTCCAGGTCCTCCTCAATGCTTCCTTCATGCAAATCTGGGCACGTTTCTAATTTTAAAGGAATCCAGGATCAAAAAATTATTGGCTTAAATATTCTAAGTCGAACGATTCTTCCAGATAACCAAAATTCAGTCCCTAGCATCCTCATTGAGGGACTCACAACTGCCTGTAACTCCAGCTCCAGGGACCTGACTCTCTCCCGGGCTGTGTGCCTGCATGTGTCCCCGTGTTCACTTATATACATAGAAAGAAACAAGACTACAATTACTTTACATAGCTAAGGATGACCTTGAACTTCTCTATTCCTCTTGCGGCCACCTCCCAAGTGCTAACATTAAAGATAGCCAATCACTCCTGGTTTATTCAGTGCCGAAGATCAAATCTAGGCCTTTATGTGAGCTAGACAAGCAGTTCCAACTGAGTCACACCCCAGAACCCTTAAAGCAAAACTCACAAATTGAATCGATCACCGCAAACAAGCCCTAACACCACCCAGAGTCACCACCTTGCCAATCTTAATCCAACCCCTACAATACAGGCTCTGTTCCAACTACACTTCACACTTTTATCTCACAATGCAAAACTGGCTACTGCGTTCTCTGCCAATCACAGGGCACGGCATTGCCTTTTTCTAAGTCCTGCAAAATGTTACCTTTTTCGAGAACACGCTACATAACCACATGACGTTTCTTTCGGCAAGTCTGCCAGTCTTGTTCCCTAAGGTGAGATAGAACCAAATGAGACAAGTTACTGGACTTTGCTTCAACTAAAGGAGAAAACACCTCAATTTTTTCTGCTTCCGGGATTCGGGTATATAGCTAGCTTAATTTTACTGTTATGTGAACACATTACTGCAGCTGTAAAAAGATTAGCTTAATTATACTTACACGGAAATAAAATATGGTTCAGAAGGGGGACATCTGCCCAAACCCAATATCCATCACTTACTGAACCCAGACAGTAAAGAAGCGCTGGAGAGCCGGGCGTGGTGGTGCACGCCTTTAATCCCAGCACTTTGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCACTGGCAAACTACCGATTTTCAAGACCTGCGACTAAGTAAATATCGACCCTGAAACCTAAAATGCAGAAACACGAAAAGTGACTGGCAGGGGACGCCAAGGGTCACTGCGGGCAGCGGAGCTTCCCGGGATAGGCCTCGTGTCTACCGCGGGCCGAGGAGCGCGTGCGCAATCGCAGCCCGGAACCGAATTTGCAACCGAACAGCGCCCTTGGGGCACGGTGTCGAGAGTCCCTTTCCTGGCTCCCCCCACAACAGCCCCGCCGGTCCTTACTAACTGCTGCCCTTCCCAGCCACGCTTCCCGTCTCGGATACCCACGTTCAGAAACCCGGTCTCTCCAGGACGCCAGACTGCGGCGGCGATCACCCTCACTGACCTCCATCAGCCTACGGCCTCCACGCGGCCTGGCGCGCTCACTGACGTCACTGGCGCGCCGCCGGAAGCTAGGTGGCCCAGTGCTCCCGGACGGAGGCCACGCCCTCCGCCCCTTCCGCAGTCGCCATCTTTGTTGCGCTCAGGCTTCCGGTACTGGGAAGTGTAGTGAGATCCTGGTCGTGGGAAACGTAGACGGGAAGGAGAGGGTGAATTCTACACGGCAGGGCACGTCGGGCCAGAGTCTCCTACTTGTGCGGAGTTTGGGTAGCGACTCTGATGTCAGCCCGTTCTGCCCCACTCCCTTGGGCCTTTCACAGGTCCTGTAGGAGAGGCGTGAGTTGGGACCGCCGTGT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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 11, start 6536713: end 6537327
Found 8 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
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finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
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Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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