High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by cs10
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 114634
Chr: 12
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-447J9 : RP24-424P16 : RP24-175B17 : RP24-166D13 : RP24-243I3 : RP24-178E15 : RP24-561H8 : RP24-170D14 : RP24-267E3 : RP24-266B3 :
Instance: Plate 122: Well G11: BACs RP24-166D13 RP24-175B17 RP24-424P16 RP24-447J9
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 4814165 4814214 50 ACAAGGTTTCCTGTATTCATGCTGGCCTCAAACGCACAGTAGTAGAGTGA
U5 4819997 4820046 50 ACATTTAAAAGGCACTTAGTAGCTGGGCAGTGGTGGCGCACGCCTTTGAT
U3 4820183 4820232 50 TTAGTAACTGTTTGATGCATAAGTGAAGAGGAGCCCAGTACTTTGTTTTG
D5 4820853 4820902 50 CTTGAGTAAAAGTTCCTTTCTAGTATCATGTAATATTTAGTGATAACATC
D3 4820972 4821021 50 GATTTTTAAAGCTTTTATTTTTTCAGTCATAATGTTTCTCTTCAGGAAGG
G3 4824971 4825020 50 ATACCAAGAGAATAAAACATATAAAAATCCCTCCTTGAATGGGACATGGT
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 4811804 4842828 31025 GTGTAGCCAGGGGAGTGTTGACACAAGCACTGGGACCCTGGAAGAGACCTGTAGCCTATCTGTCAAAAAAATTAGATCCCGTTGCTAGTGGATGGCCCACATGTCTGAAAGCTATTGCAGCAGTAGCCCTGCTGATCAAAGATGCTGACAAATTGACAATGGGACAGCAGGTGACTGTTGTAGCCCCTCATGCCCTGGAAAGTATCGTGCGGCAGCCGCCTGACAGATGGATGACAAATGCCCGAATGACACACTATCAGAGCCTGCTGCTAAATGAGCATGTAACCTTTGCGCCCCCTGCCATCCTCAACCCAGCTACCCTTCTCCCTCTAACAAATGATTCCGTCCCAGTACATCAATGTACAGACATCCTCGCTGAAGAAACTGGGACCAGAAGGGACCTGACTGACCAACCCTGGCCTGGAGCTCCCAGTTGGTATACGGACGGCAGCAGTTTCCTGATAGAGGGGAAGCGAAAGGCTGGAGCTGCGGTGGTGGACGGGAAAAAGGTAATTTGGGCAAGCGCTTTGCCTGAAGGAACATCGGCACAAAAGGCTGAACTTATAGCGCTTATACAAGCCCTCCGAGAGGCTAAAGGTAAGATCGTTAACATCTACACTGACAGCCGCTATGCTTTTGCTACCGCACACATCCATGGGGCCATCTACAGGCAGCGAGGGCTATTGACTTCGGCTGGTAAAGACATTAAAAACAAAGAAGAAATTCTGGCCCTGTTGGAAGCCATACATGCACCTAAGAAGGTAGCCATCATCCACTGCCCCGGCCACCAAAGAGGAGAAGACTTGGTGGCCAAGGGCAACCGAATGGCAGACTCAGTGGCAAAACAAGTTGCTCAAGGGGCCATGATCTTAACTGAAAAAGGTGATCCGCCCAAAAGCCCTGAGGATGAAAGGTATAACATAAAAGAGCTATTGTGGACCAGTGATCCCCTCCCATACTTTTTTGAAGGGAAAATAGAATTGACTCCCGAAGAAGGAATAAAATTTGTGAAAGGACTACACCAATTCACCCACCTGGGAGTTGAAAAAATGATGAGACTAATTAAAAATTCCCGATACCAAGTCCCTAACCTGAAGTCAGTGGCTCAAAAGACTATAGACTCCTGCAAACCATGTGCATTCACTAATGCGACTAGAGCCTACAAAGAACCTGGAAAGAGACAACAGGGAGACCGTCCTGGAGTGTATTGGGAGGTAGATTTTACTGAAGTTAAACCTGGAATGTATGGTAACAAGTATCTGTTAGTATTTGTAGACACCTTTTCAGGATGGGTTGAGGCGTTTCCCACTAAAACTGAGACTGCCCAGATTGTGGCCAAGAAGATCCTTGAAGAAATCCTGCCAAGATTTGGAATCCCTAAGGTAATCGGGTCCGACAATGGACCAGCCTTTGTTGCCCAGGTAAGTCAGGGCTTGGCCACTCAATTGGGCATCGATTGGAAATTACACTGTGCTTACCGCCCTCAAAGCTCAGGACAGGTAGAGAGGATGAATAGGACCTTAAAAGAGACCTTGACTAAATTAGCCATTGAGACCGGCGGGAAAGACTGGGTGGCTCTCCTCCCTCTTGCACTCTTCCGAGCCCGAAACACCCCTGGACGTTTCGGGCTCACTCCTTTTGAAGTTCTGTATGGAGGACCTCCCCCTTTAATGGAAGCTGGTGGAACATTGGTTTCCGACTCTGACCCTGTCTTACCCTCCTCTTTGCTTATTCATTTAAAGGCCCTAGAAGTGATTAGGACCCAAATTTGGGACCAACTGAAGGCAGCCTATACCCCAGGGACCACCGCAGTACCCCACGGGTTCCGAGTTGGAGACAAAGTCTTGGTCAGACAGCATCGAACCGGCAGCCTCGAGCCACGGTGGAAGGGACCCTATTGGTGTTACTGACAACCCCTACTGCGGTAAAAGTTGACGGGATTGCCTCCTGGATCCACGCCTCCCACGTCAAGAGGGCCGCCAGTCAAGATGAAGAAAACCACGAAGACAATTGGACAGTGGCAGCCACTGACAATCCTCTTAAGCTTCGTTTGCGCCGCAGGCGCCACCCTGAGCCTAGGGAACCACAACCCTCATGCTCCAATTCAACAGTCTTGGGAAGTGCTTAATGAGGAGGGAAACATTGTATGGGCAACCACTGCAGTCCATCCTCTCTGGACTTGGTGGCCTGATCTCACACCTGACATCTGTAAGTTAGCGGCAGGATCCCCCAATTGGGACCTCCCCGATCATACTGATCTTAGCAACCCACCCTCTGAACAGCGGTGTGTCCCGGGCGGGATAGGGAACTCGTATGGATGTTCGGGGCAGTTCTACCGAGCTAATCTTAGAGCTGCACAATTTTATGTTTGCCCTGGTCAGGGTCGGAGCAAAAGACTTCAACAAGAATGTGGAGGGACATCAGATTACTTTTGTGGTAAATGGACATGTGAAACGACAGGGGAAGCTTACTGGAAGCCCTCCTCTGACTGGGACCTAATCACGGTAAAACGAGGTAGTGGCTATGATAAGTCAAACCAAGGAGAAAGAAACCCCTATAAATATCCAGAGAATGGGTGCGCTTTTAAAAACAGCCCCCCAGGATCATGCAAAGGTAAATACTGCAACCCCCTACTTATAAAGTTCACCGAGAAAGGGAAACAACACCGTCTGAGTTGGCTTAAAGGAAATAGGTGGGGTTGGCGAGTATACATTCCACTAAGAGTCCCTGAGTTCATTTTCACGATCAGACTGACAGTGAGAGACCCGGAGGCGACACTCGTAGGGCCCAACAAGGTCCTTATAGAACAGGGCCCCCCAGTCGTACCGGCTCCCCCAAAGGTCCCGGCCGTACCAGCTCCACCAACTCCACAGCCCAACACGGTGGTACCCTCCCTAGGGACTAATACTCCCCTCATAAAGCCTACCTTGGCTTCCCCACCGCCCCTAGATACAGAGAGCCGTCTGGTCAGTCTAGTCCAGGGAGCTTTTTTAGCTTTAAATAGGACTAACCCTAATATGACTCAATCATGCTGGTTATGCTATGCCTCTAGCCCCCCTTATTATGAAGGAATAGCTCAGATCAGGACTTATAATATTACTTCAGATCATTCTCAATGCCTTTGGGGAGAAAACAGAAAGTTGACTCTAGCAGCAGTTTCAGGAAGAGGGCTTTGTCTGGGCCAGGTACCTCAGGATAAAGGGCACCTCTGTAATCAGACCCAGAACATCCAGTCTAGCAAAAGTGGTCAGTATCTAGTGCCCCCCCTAGACACAGTGTGGGCTTGCAATACCGGTCTCACTCCTTGTGTGTCTATGTCTGTTTTTAATAGTTCCAAAGATTTCTGCATTTTGGTTCAGCTTATTCCTAGACTCCTGTATCATGATGATAGCTCCTTTTTAGACAAATTTGAGCATCTGGTCCGCTGGAGAAGAGAACCCGTTACCTTAACTTTGGCAGTTCTATTAGGATTGGGAGTAGCGGCTGGAGTAGGTACAGGAACCGCTGCCTTAATTAAGACCCCCCAATACTATGAAGAACTACGTGCAGCTATGGATGTTGATCTTAGAACTATAGAACAGTCTATAACCAAATTAGAAGAATCTTTAACTTCCCTGTCCGAAGTGGTGCTACAGAATAGAAGGGGATTAGACTTATTATTCCTTAAAGAAGGAGGACTCTGTGCTGCCCTAAAAGAAGAATGTTGTTTTTATGTTGACCATTCAGGAGTAATCAAAGATTCTATGGCCAAACTTAGAGAACGCCTAGATATACGTAAAAGAGAAAGAGAAAGCCAACAAGGATGGTTCGAAAGCTGGTTTAATAAGTCCCCTTGGCTCACCACTCTCCTCTCCACCATAGCAGGACCTTTAATTACACTTATGCTTTTGCTTACTTTTGGCCCCTGCATCCTTAATAAGTTGGTAGCTTTTATTAGAGAAAGGATAAATGCAGTACAGGTTATGGTACTAAGGCAACAATATCGGGTCCTCCAAGAGGTTGAAAACTCGCTCTAAGATTAGAGCTATTTTCTAAAAGGAGTGGGGAATGAAGAATAAAGATAAAAAATTTACTGAACTCTTCCTCACCCCAGAGCCCGACCCCTCCCAACTAGAGATTGTTCCCAGAACACTCCTGAACTCTTCACCCCAGAATGCATTCCTGAACTCCTTACCCTAGAGTTCGAACCCTCCCAACTAAAGACTGTTCCAAGAACATTTTTGAGATAAGGGCCTCCTGGAACAACCTCAGAATGAACCGGGTACATTGCCAAATAATAGGACATGACCCCTTAGTTACACAGAATTCCCTTGGCAAAACCCCTTGTCCCTTGGCAGAACCCCTTAGTTATGCAAACTTGTACTTTCCCTGACCCGCTCTCCCCCCTTGAGTTTTTCCTATATAAGCCTGTGAAAAATTTGGCTCGAGGTCGATTCTCCTCTACACCATACTAGGTGCATGAGTTTCGACCCCAGAGCTCTGGTCTATGTGCTTTCTTGCTGTTACTTTATTAAATCTTGCCCTCTACATTTTGAGTTCGGTCTCAGTGTCTTCTTGGGTCCGCGGCTGTCCCGAGGCTTGAGTGAGGGTCTCCCTTCGGGGGTCTTTCAGTAGGAGGTAAGTAAACCCCTATTGCTGAATATATCAGACCTAGGACCCAGAGGTCCTTGAGCTGGGACTGACCTGAATACCTCCTTCCTGAGGACTAGCATCAATGGTATCAAAAGGCACCATGCAAGCTTCCAAAAGAAGGAAACAACCAACAAACAGTCCTACCCAGTTATAACAGCTATGAGCCACAATGACTAGCATGGCATGTGCACTCTACAGGTGCAGCCGTGGTACAAATACCTTGGTGGCAGTAAGCAGTTCTCTAATTGGACTTAAGACCACTCAACAAGAGGTTGATCATCCTTGCTGCTGGAAGCCTAGTCAACTGTTCAGGTCTAATAAAGTCATGAATCTTAGAGGAAACCAGACATCCACCACTGAACTAAATC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Comments:
Created
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attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 12, start 4827400: end 4827518
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
U51:12:4826860:4826979_69 was rejected with 3 alignments
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finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
U-type: U2
D-type: D1
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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