High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by cs10
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 114254
Chr: 16
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-111C11 : RP24-132L20 : RP24-249C6 : RP24-92E21 : RP24-63K2 : RP24-253A19 : RP24-474B1 : RP24-423G14 : RP24-255M3 :
Instance: Plate 122: Well C05: BACs RP24-132L20 RP24-249C6 RP24-92E21 RP24-111C11
Instance: Plate 215: Well G03: BACs RP24-132L20 RP24-249C6 RP24-92E21 RP24-111C11
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 16297050 16297099 50 TGGAGCATAGCATATCCACCAGATAAATAGAGATAGAGATTTAAAATTTT
U5 16304020 16304069 50 TTTTAAAGATTGATTTATTTATGTATGAGTGCTCCATCTCTATGTAACAC
U3 16304186 16304235 50 TTGAGGAACATAGATTATATGGCTGGTTCGTGTGCTACACGACAAAACTC
D5 16306768 16306817 50 AATGACAAGGAAGCTTTACCTACAATACCACAGTATGACTGCCTAAACAT
D3 16306872 16306921 50 AAGGGAGAAATCTCATGAGGTCCCACACCTCAACAAAGAACTACAGGCAA
G3 16309298 16309347 50 AGTGCTCCTAGTTATAAAACTTTTCTATTTTCAGGTATCGGATGATAACA
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 16289114 16322015 32902 CACACCCCACTCACTACCCTAAACTCCATCCCCCCAGCTGCCCTTTTGTATATAATTCAAGCATTTTGATTACCTGGCCCTTTACCTTCCTGACCTCTTGGTCTGGTTATCCTTTCTTCCCTCCCACATTCCTTGGTCTGTCTCACAGTCATGTTCATTCTGGACTCTCCAGATGTCCCTGCCTCTGGCTATGCTCTTCCATTTACTAACAATAAACCTTTTCCTCCACCATACCTAAGAGCAATCATGTCCTTCCTTCTTTATTTCTTTTTTTTTTTCATCCAAACAGCACACCTGAAAGTTCTAGCAGTAAAAGAAGAAATCATACACAAAAGGAATAGACTGCAAGAAATAATCATACTCAAGGCTGAAATTAATAAAATAGAAACAAAGAAAACAGTGCACAGAATCAACAGAACAATCTTTGAGAAAAATCAATAAGACTAATAAACCCTTATCCAACTTAACTAAATGGAAGAGAGATGTTGCTTGTAATTTTATAATTTATGCTTGCTCTTTCTCAGAAGCTGAGCCAGAGCTCTCAACCTCTTGCAACTACCTCCACCAACCTCTAAGGATCCCCTCCTCCCTGCTCCCCCACTCAGCTCCCATGGCTAGCTTACACTTTTCTCATAAACACTGGGAGCACTTATCTCTTTAAACTTGGCTTAGCCGAGTGCCAATGACTGCCCTCAGTTATACCCTCTCTCTTGCCCACGTGAATTGTTATGAATAGAAAAAAAACAGACATATTTTAATATTTTATTTATTATTAGATATTTCTAATTTACATTTCAAATGTTATCCCCTTTCCTAGTTTCCCCTCTGAAAATCCCCTATCTGCTCCCCCTCCCCCTACTCACCAACCCATCCACTCTCGCTTCCTGGCCCTGGCATTCTCCTATACTGGGGCATAGAACCTTCACAGGACCAAGGGCCTCTTCTTCCACTGATGACCGCCTAGGCCATCCTCTGCTACATATACAGCTGGAGCCATGAGTCCCACCATGTGTTTCCTTTGGTTGGTGGTTTAGTCCCTGGGAGCTCTGGGGGGTACTGATAAGTTCATATTGTTGTTCCTCCTATGGGGCTGCAAACCCCTTCAGCTCCTTGGATACTTTCTCTAGCTTCTTCATTGGGGAACCTGTGCTCCACCCAATGGATAGGTGTGAGCATCCACTTCTGTATTTGTCAGGCACTGGCAGAGCCTCTCAGGTGACAGCTATATCAGGCTCCTGTCAGCAAGGTCTTGTCATCTGTAATACTGTCTAGGTTTGGTGGTTGTATATGGGATGGATACCCAGGTTGGGGCAGTCTCTGGATGGCCATTCCTTCAGTCTCTACACCACACTTTGTCTCTGTAACTCCTTCCATGGGTATTTTGTTCCCCCTTATAAGAAGGATCAAAGTATCCACACTTTGGTCTTCCTTCTTGAGTTTCGTGTGGTTTGCAAATTGTATCTTGGGTATTCCCAGTTTCTGGGATATTATTCACTTATCAGTGAGTGCATATCATGTGTGTTCTTTTGTGATAGGGTTAACTCACTCAAGATGATATCCTCCAGATCCATCAATTTGCCTACAAATTTCATAAATTCATTGTTTTTAATAGTTGAGCAGTACTTCATTGTATAAATGTACCACATTTTCTGTATCCATTCCTCTGTTGAGGGACATCTGGGTTCTTTCCAGCTTCTGGCTATTATAAATAAGGCTGTTATGAATATAGTGGAGCATATGTCCTTATTACACGTTGGAGCATAGTCTGGATATATGCCCAGGAGTGGTATAGCTAGGTCCTCAGGTACTACTATGTTCAGTTTTCTGAGGAACTGCCAGACTGATTTCAGGAGTGGTTGTACCAGCTTGCATTTGCACCAGCAATGGAGGAGTGTTCCTCTTTCTCCACATCCTCACCAGCATCTGCAGTCACCTGTGTTTTTAATCTTAGCCATTCTGACTGATGTGAGGAGGAATTGTTTTGATTTGCATTTCCCATATGACTAAGGATGTTGAACATTTTTTTAGGTGCTTCTCAGCCATTTGGTATTCTTGAGTTAAGAATGCTTTCTTTAGCTCTGTACCCCATTTTTTAAATAGGGCTATTTCATTCTCTGGAATCTAACTTCTTGAGTTCTTTGTATATATTGGATATTAACCCTCTATCAAATGTAGGATTGATTAAGATCTTTTCCCAATCTGTTGGTTGCCTTTTTGTCTTATTGACAGTGTCCTTTGTCTTACAGAAGCTTTGCAATTTTAGAAGTCCCATTTGTCAGTTCTTGATCTTACAACACAAGTTATTAGTGTTCTGTTCAGAAATTCTTTCCCTGTGCTTATATCTTAAAGGCTCTTCCCCACTTTCTCCTCTATAAGTTTCAATGTTTCTGGTTTTATGTGGAGGTCATTGATCCACCTAGACTTGAGCTTTATGCAGGAGATAAGAATGGATCAATTTGCATTCTTCCACATGCTAACAGCCAGTTGAGCCAGCACCATTTGTTGAAAATGCTGTCTTTTTTCCACTGGATGTTTTTAGCTCCTTTGTCAAAGATCGAGTGATCATAGGTGTGTGGATTCATTTCTGGGTCTTCAGTTCTATTCCATTGATCTATCTGTCTGGCATTGTGCAGTTTTTATCACAATTGCTCTGTAGTACAGCTTGAGCTCAGGAATGGTGATTCCAACAGATGTTCTTCTATTGTTGAGAATAGTTTTTGCTATCCTATGTGTTTTTGCCCTTTCTAACTCTGTGAAGAATTGAGTTGAAATTTTGATGGGGATTGCATTGAATCTGTAGATTACTGTCAACAAGATGGCCATTTTTACTATATTAATCCTGCCAAACCATGAGCATGGAAGACCTTTCCATCTTCTGATATCTTCTTTGAATTCTTTCTTCAGATACTTGAAGTTCTGTTTGTATCCCGAGCTTATCCCTGTCCCGCAGGAAATAAACACAGGACACGACAGGTTCTTCCGTGGTTAACTTTACTTCATATCATATTGAGGTAGACAAAGAAGGCTCAGAAAGTGTGTGGCTTAAATACCCTTAAGGCGTGACGCGTCTAAACTAGGACTGGTAGCTACACCCACGATACTCATGCCCCCTGGGGATAGGCTAAAGCACCCAGGGGTTGGGCTAGTGCCCTGGAGATGGACCAGTGCCCCGGAAATAGGCTGGTGACTTTTGGCGGGTTTTTGCTTTTAGCACATGCGCATATAGCTTGTTCTTTGTTTAGGTGGCATAAGGCACTGCGGAGCCAGCGCCATCTTAAGATGGTAAATGTTATTGTGGCTCTCCACATGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCTGCCTACCTCTGCCTCCCAAGTGCCGGGATCAAAGACATGTGCTACCACTGCCTGGCAAAACTTGAAGTTCTTATCATACAGATCTTTCACTTGCTTAGTTAGAGTCACACAAAGGTACTATATTATTTGTGACTACTGTAAAGGGTGTTGTTTTCATAATTTCTTTCTTAGTCCATTTATGCTTTGTGTAAAGAAAACCACAGATTTGTTTGAGTTAATTTTATATCCAGCTAGATTGCTGAAGTTGTTTATCAAGTTTAGGAGTTCTCTTGCAGAAATTTTGGGGTCACTTATGTATACTATCATATCATCTACAAATAGTGATAATTTGACTTCTTCCTTTCCAATTTGTATCCTTTTGATCTACTTTTGTTGTCTAATTGCTCTGCCTAGGAATTCAAGTACTAAATTGAATAGGTAGGGAGTTCACATAGGAATTCAAGTACTAAATTGAATAGGTAGGGAGAAAGTAAATTGAATAGATAGGGAAAAAGCCTTGTCTAGTCCCTGGTTTTAATGGGATTGATTGAAGTTTCTCTCCACTTAGTTTGATGCTGGTTACTGGTTTGCAGTATATTGATTTTACTGTGTTTAGGTATGGGCCTTGAATTCCTGATCTTTCCAAGACTTCTATCATGACGGGGTGGTGGATTTTGTCAAATGCTTTCTCAGCATCTAATGAGATGATCATGAGGTTATTTTTCTTTGTGTTTGCTCATAAAGAAGATTATGTTGGTGGATTTTTGTATATTGAATCATCTTTGCATCCCTGGGATGAAGCCTACTTGATCATGATGAATGATCGTTTTGAAGTGTTCTTGGATTCAGTTTGCGAGAATTTTATTGAGTATTTTTGCATCAATATTCATAAGGGAAATTGGTCTGAAGTTCTCTTTCTTTGTTGGGTGTTTGTGTGGTTTACGTATCAGAGTAATTGTGGCTTCATAGAAGGAATTGGGTAGAGTACCTTCTGTTTCTATTTCGTGGAATAGTTTGAGGAGCATTGGTTTTAGGTCTTCTTTGAAGGACTGATAGAACTCTGCACTCAACCCATCTGGTACTGGGCTTTTTTTTGGTTGGGAGACTATTAATGACTGTTTCTATTTCTTTAGGGGTTATGGGACTGTTTAGATTGTTCATCTGATCCTGATTTAACTTTGATACCTGTTATCTGTCTAGAAAATTTTCCATTTCATCCAGGTTTTCCAGTTTTGTTGAATATAGGTTTTTGTAGTAGGATCTGATGATGCTTTGGATTTCCTCAGATTCTGTTATGGCTCCCTTTTCATTTCTGATTTTGTTAATTATGATTCTGTCCCTGTGCCCTCTACTTAGTCTGGCTAAGGGTTTATCTATTTTGTTGATTTTCTCAAAGAACAAGCTCCTGGTTCCATCTTTTTGTTTCCACTTGGTTGATTTCAGACCTGAGTTTGATTATTTCCTGCTGTGTGGTGGATAGTCCTGGGGCTAATTATATTTGTTGTTAATTCTCTTCTCCTGTGAGTGGTTGTGAACAAGAAATGAGCCAGCACTCAGGTGATTTCCTGAAACCTGCTTCCCACCTTAATTTGTAAAATAAAGGCG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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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finished running aos
AOS Produced 7 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 13 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
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Found 9 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
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DESIGN COMPLETE
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Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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