High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by dk3
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 112450
Chr: 9
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-108L1 : RP24-351O4 : RP24-358O13 : RP24-361K14 : RP24-245M16 : RP24-245K15 : RP24-469B7 : RP24-236P2 : RP24-351C4 :
Instance: Plate 125: Well C04: BACs RP24-361K14 RP24-358O13 RP24-351O4 RP24-108L1
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 94530331 94530380 50 TTCTCCTTACATCTTAACCCAACAAGTCTTAGTAGTTAATTTCCTTAAAT
U5 94525140 94525189 50 TTTTATTTTAGAGGAACAGACACTGAACAAATCCTATGGTGTTAGTAACT
U3 94525013 94525062 50 GCAATCAATGGTTTTCTTTAAATAAATAGTCTTGAAAAATACACCAACTA
D5 94524229 94524278 50 TTTACTAAATATAGAGAAAATTCTAATTGCTGATCCTGGTCATACAAAAT
D3 94524062 94524111 50 ACTCCACACATACCAAGGAATGACTGTAAGATAATATAAAGCTTTCTACG
G3 94520768 94520817 50 AACTTAAGTGTTTCGATATACTAACTCACAAAAACATCATTTATCGGGAT
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 94424531 94424647 117 GTCCAACATTTCTATAGCTTATATAAATTGTTTGCAATTCATGAGACACAGCAGTCTCCAATCTGTGTCAAGGTGATCCAGGGAATGGGTGGGCTGTACTAATTTAAACACAGATAT
G5 94430750 94430799 50 TTCTCCTTACATCTTAACCCAACAAGTCTTAGTAGTTAATTTCCTTAAAT
U5 94425559 94425608 50 TTTTATTTTAGAGGAACAGACACTGAACAAATCCTATGGTGTTAGTAACT
U3 94425432 94425481 50 GCAATCAATGGTTTTCTTTAAATAAATAGTCTTGAAAAATACACCAACTA
D5 94424648 94424697 50 TTTACTAAATATAGAGAAAATTCTAATTGCTGATCCTGGTCATACAAAAT
D3 94424481 94424530 50 ACTCCACACATACCAAGGAATGACTGTAAGATAATATAAAGCTTTCTACG
G3 94421187 94421236 50 AACTTAAGTGTTTCGATATACTAACTCACAAAAACATCATTTATCGGGAT
G5_U5 94425559 94430799 5241 TTTTATTTTAGAGGAACAGACACTGAACAAATCCTATGGTGTTAGTAACTACACTAAAGTTTGTACACTTCTAGAGGCCCTAACCAATCCAGAAGCAGTCAAGACAATGCTGGGAAGGATTATTGGATGCTTAACAATACCCAGGCCTGGGAAAGAGTACTCTGGTCTCAACGTGGCCTCCATTCTGAGCACCCACGGACTTGAGTTCGTCTTGTTTCAACCTTTTCCCCTTGCTCCAGCCTCAAAATTATTTTTTTTTCACATTAGTGGAGTTTTCTAATGGGCTTTTTAGCTACTAGGAAGATTCTAGTTCTAAATCAAAAGTAATGTCTTTAAAAGCATAAACAAGTCATTTTAAACGTAATTATCACCTAGATCTGCCCGTGATCCCATGCTGGGAATCCAACTCAAGGCTCTGTGCATGCCGGGCTTTACAAATGAGCAATGTCCCTGGCCCCATCAAAGATACTTTCTACCACTAAATATGCTGTAACCAAAATGAATACTGGAGAAAAACAAAAGATGGTTAGAAGTTAATATTACTTTCATGTGTAAGGTTGCAAGGCCAGGTTTGTGTCAGTCTTGTTCTTAGCTGGAAAAAAAAATATGAAATGATACTTAAACCAGCATTAAAGGAGTGAGATAAACCAGGAAGACGGCAAACCTTAAACCCCCCAGAGAAGGAGCTTCTATTTTCAAACTCTGGATAATCTACATACACCTGAAGAGGCAGAGGTATGGCCTTTCTTCTTTAAACAAACAAACCAACAACAACAACAGCAAAACCCAAAAAGCAAGGCTAATTTTGCCTCAACTTTTAATTGTACAGATTGTCTCTAAAGTCCTCATGCTAGAAGAGAGACAACTTTAGAACACATTCTCACTTTGCACCCCCTTTAAGTCTAAGTATACACAACCACCATACTTTGCATATATAACTTTTACAAGTATTCTATGACAAAATACTACTTATATGAAAAGAGATCATGGATCTTAAATATAGTAAATTAATAAATTCACTTTGGGGGCAGAGACAAGAGCTACTTAGTCTTTAGAAATTAGAGGTAAATGTGTTTTTAATCCTTAACAATATTTTTATTTCTCTTGGGAGCTGAGAAAAGTGACAGACAGATCACTCACGTGAAACGTGCGGTGCAAAAACTGTTCACAAACCACACAGTTTCAACTTTCCTCTCTATTTAAAATATCTCATGACCTTGACATTTTTTGTTAGACAAATGGCTACAATCGACTTGCCTATTTATAAGAAGTGTGAATGCATTCTGACGTAAAAATGGAACACTAAAAGTTTAATAAGTATGTGGGATCACATTATTTTATCATGTAAAAAGAAAAACAAAACCATCTCCATTCAGCGTACTATTCACACGCCATATTGTAGAACAGACACAAGCACATCTTTGTGAAAATAAAATGGTCTTTGACAACAAGAGAAAGGGGATCCCTGCCAACATCTGCACATGTACAAATGCCTCCTTGTTTTTGGAACCTTTCCAACTGGCAAAGGACAGTCAAATGTACACTTCATTACCCGCCCCTCATAGAAGAGGGCAAAATAGATGAACAAATGTCATATTGAGCAACTTTTACATTAGCATTGTGACTGCTCATGATTTCTAACTGACGTCGTATGCCTCGCTTTAAGAGACAATTCTTTCGTGTAGCTTGCTACCTACTCTTTTGGAAGAGCTTTCATCACTGAAGTCACACCATTTGCTTATAAGACAGCACTATTTCACTATATAATCAAAGCACTATTCATTAATGAGAACAGATTTTTATTAAACACGTTGTGGTACAAAAGAACAAAAAAATAAAAAAACAAAAAATGGCTCAGGGTTGGAAGCCAAGTTTAAAACAACCCTGGCGTACAAACAAAATACCATAGCCAAGCAGAATTTGAAAGACATTTTGAATTCATTAGAGCTTGGATTTGTTAAATATAAAGTAATATTGAAAACAAGGGTTTTTTTTTTTCCTGATTAGCAAACTCTTACAGATATAAAACACAGTAGCTGGGATTAAAAAGTTTATTATGGAGGCCTAGATTTCCTTACTTAAAACAAAAATCTGGAGACCAGATATTCAAATTATCTGAAACCAAAGAGTTTCATTTAATCTGAAATATGCAATTATTTTACTTATTTACTATGTACAATTGAAAAATGTGCAAGTGCTTCCCAAACGAAGGCAAATTTTCAGACTTAGAACAGTACGACAGATGCAGCAGGTCCTCTCAACTTTTTATAAATGTTTGTAAATTATTATATGTATAAAATATAGACTATCGATGATATAAAAGTAAAGACTGCATAAAGGTAGAAGATAGTTGTAAACCTATATATTTGTTTTTCTATCAATGTACTTTAAAAATTAAATTAGTGACAGCACAAAGACAATGCTAGAATATTAATGTAAACATATAAATTATTTGTATGTAGCATATGGTGCAATGATAGAACACTTATACTTTATGTGTGAGGCCCTGGAAATGACTAAGATGCAGAATTTTACTAAGGTCATCCTCTATTCTACAAAAACAAAACAAAACAAGAGGAAAAAAACCATGGAGCTCATACATGATTCACACACAAAGATTATGGGAATTGGCTGTAACGCAGGTATGTAATATTTTCTATATATAACATACAGTCTTCAACAGAACTCCTACACTAAATGGAAAATATTACACAGCATATGAGAATAAGGAGTTTGAAATTATAAGGCAAAACTCAGATGCCCGCCTCAATCTCTACCTCTCAATACCTGAACATAATTCTTCCCCCAACTCCATACTCCCAGACAAGCTACTACTCCCATGTGCTACAGTTTCATGGGCATTTGTTTTCACTAAGAACACAGTTTCATACCTTAGCATACACCTGGGATGCTCTTACCACATTGACAGTCAGTCAGTCTAATAAACACACTTAGGGTTGGCTTAAATAGAGACCACGGAGGGGGAATAACCCTGCACTGGTCTGTATCATAACACCTGCTTGAGGAATGCTGCTATGTGCTAACAGCACAGGTTATGTAGTTACCTTTATAAAATCAGAGAAAATTCTTAAACAGTGGAACACTGGATTGAAAATTGATAGCAGTATGCTTTGAATTTATCTTGACTATTGCAAAAGAACTATAGCTGGCCCAAGTTTGCCTTTTATTACCCCTGAACTTTATGGCAATTAATACTGTGCTAATAAGTTAGATTTATAATCCACATAACCAACTCAACATATTTGAATCCTTCTTTCTTTCTATTGAGCACAGTGATTTTGTTTTTGATTTCTGGTAGTAAGTGGTTAATGAAGCATTTGGAATTTTTTTGGTATGCATTACCACATTTTTTTAAGTTTTGCTATTACTGTATTTATGAATACATATACATTTTTATAACATATTTTAATAAGATCACATATTTTTAGGATAATTGCTAACAAACGCGTCCACTAGGAATTAAGAGCTCCTAGAGAACAGTGAATAGATTGAGTGATTCTTAATCATATTTCTTTCTATCAAGAAAAGAAGTACATTTCTGGATGAGTATGTAGATTTGGAGAAGCAGATCTTTAAAAAGTTCATTAAGCTCACCGAGTGCATCGAGGCTTCCCCTTTGGTTCTGGACCTGCCTGATGAAAACAATGGTATACATATCACTCCAGTTTTACAGAGGAAGAAACCGATCTCAAAGGACTTACTAGTCTCCTATATATGACATATAACTAACAGATTAAAATACAGCCAACTTATAAAGGCTAGTGCTCTACTGTCTTTTACTCCTATGTAACCAATATTATTTTTATATACTAAAATTTAAGTACACAAATATTTTTCATAGACGAATACTAGCATTCTATTGAAAAGTATAGAACTTCAATTCACGAGAAAATATCAAATAAACACATGAGAAATGTGTTACCATTTAGAATTGTTTTTTTTAAAGAAGGCGATTCCTAATAAACTAACTTCAAAAAGCTTATCAAAATATACAACCTAAAATGTCCATCAGTTTTTCTATACTAGCATTTCTGCACAAAAATACACAAACTTTGAACTTGAGAACATTTGAAGAAAGCAAGTGTTATAAGGAGTACAGAAATGTTTAAAGGTTTAATTTCAATCTTAGAATTATTTTAAAAGCCCCTATCTGAATGAAATCCCAGTGTGGCAATACATGTTGTAACAGCTGTTCATACAGATTAGTCAACTGTGTTGTGCTGGTGACAGACTAATGTGTTCACAGTTTTGTGAACTGTCTAGAGGGGGAATGCAGGAGAGTTACTAGGAAGACTTAATAGTTACTTCAACTTGACTAGAATGTCTATGAGATCTTAGCTTAATTTAAATTGGGAAGTAGCTAGTGGCCAAAAATTTATCACAAATATAGCAGACACCTAAAACCTCAAGCTATTTTAAGTCTCAGGATATGCCTCATTTATCATGAAATCATCTTCTGAATGTCATTTCCACCCGCCTCAATTCCAACATTAACCAATGCTTTGAAAATAGAAAGGTTGTGTTAACTGAACATCACAGCAAATGGCTGTATACAAAACTGGAAACCAATGTCACATACATTAACACAAACCTCCCTAAATTAAATAGAAATAAGTCGTCTTGTAGAACAGCTTTTACACACACACACACACACATACACACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTGCCAAAACTCACTTGGCAAAGCTTTACGCAAGGATGTACTAATCTCAAGAGATCCTTTCTTACCTACTCTACAAACAGCAACTGTTACCCACATTTCTAACTTGAATGTGTAAGTACAAACATTTGTTACCAATTAAAAAACCATTAAAAGAAACAAGAGCACACTCTTAGGATCTGATAACCTAAAAATGTGATCTTACTTTCTTCAGTCAACATAAGTTTCCTTGGTTCCAAACACCACCCTTCTTAAGAACAGTAAAACATCTGCCAACAGCAGGGTCTTCCACACCATTAAATAAATGCCAGTTGCTGGCTTACAGAGATTAATATTCTGATTGCCTTAAATTTAAGATGAAAAGAAACCCAACTTCCCCCACCCATTTCTTGTGTGCTTTCTTACAATGGAGTCTAACAGTAGACTCTAAGATTTCTTTTACTTCTCCTTACATCTTAACCCAACAAGTCTTAGTAGTTAATTTCCTTAAAT
U3_D5 94424648 94425481 834 TTTACTAAATATAGAGAAAATTCTAATTGCTGATCCTGGTCATACAAAATTAAAAAAAAAAAGATACAAGGTTTTCATCTTAAAAAGAGTGCAATTTTATCAGAAATATAACATTTAAACACAGAAAATGTACAATAGATAAATCTGAAAATTATATACTTACTTTGTCTAATTAATCTTTTGTCGGCAACTAAAACATTTTCGGCATCCACAATGATTACTTTCCCATCTCTTGGACCAACTGCAAAGTTGTCAAAGCTGACGTCCAGGAGGTAGAGTGCAAATTCAAAGTCATTGTTTGTAAGCTGCTCTGCTATCTCCATTAACTGCCAAGCAAGGTCAACTCTCTTCTCCCATGGTGCATTAAAATAACTCCACAGTTCTTCTCCAACATAATTTACAGCCACCATTCTTCCACAAGCTCCAAGATATTTTGCAAATGGCCAACCTTCATCAGATGGAAAACTCTACAAAAGAATTATCTTAATATTATAATACAGTCTGATGAAGTTACCTTGGGTCCCCCCCCGCCCCCGCACCCCAGAAGCTGACAGGGGATTCCTCCTAGGTACAGTTCAGTACAAATTTCATCTTCCCTCCTCACTCAAACCATTACCATAGACCTGAAAGAATGTGAAAAATGTTGTATTCGAAATCTGTGACAAGTACTACTTTTCACTATCTCAGAAACAAATTTACCAATACAAGGCAAGAGTCACTATCTTTGTACCAATTCTAAAAACATTTATACCTTTCTATATCTTTTTGATTTCTACACATACAAGCAATCAATGGTTTTCTTTAAATAAATAGTCTTGAAAAATACACCAACTA
D3_G3 94421187 94424530 3344 AACTTAAGTGTTTCGATATACTAACTCACAAAAACATCATTTATCGGGATCTCAGGTGAAAGGGTCAAACGAGGCCCAATTTTTCAGGTTCATCTAGGATTCCCCGACCATAGGGAGGATCCTAAGACATCATCACACCTAACGCTGCAGGACTGGAGAGATCCGGGTCTCTGCCTGGACTGTCAGGCAGCTACATAAGAACACCTCATTTTAGATCTTAGAAGACAGCAAGCCGGAGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACGGACAGCTCTTCTGAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCCGTAATGAGATCTGACGCCCTCTTGTGGAAACAGCTACAATGTACTTACATATAATAATAAATAAATCTTAAAAAAAAAAAAGATAGCAAGTCAAGAAATAAGAGAAACCAGCATTGTCTGTCGCCCATAAGACAGTATCCTCAAAAGGATGTACACAGGGACACTGGTCCACCCAGCTGAGGAAATAGCACTGCAGCTAGAGTGTGAGACACATACCAAGGAATAGGAACAAGTGAAGCTAGAACAACAACACATAACATAACAACAACAAACTGTAACTTGCATGGAGCATTTACTGCTCAGAAAGGTAGCTTTGGGTTAAAGCCAGGAGGGGGCAGGATGATGATGGCAGGCCCGTGAGACGGCTTAGCAGATAAAGCTGAGCCTGATGACCCACATGGTGGAGGGTGACACAAGATTCTCCTACGTTATCCTCTGGCTCCACACATACACCTGCATACCCACATCCACATACATATACCCGCAAGCACACAAATCAATAGAACTTTAGAAAACGTTACCTCAGCAACTAGAGAAGGTCAAATCAAAGAAACATTTGAAACAAAAGCAAACTTTAAGGTGCAACTGGATGGCAAGGCAGGAAATATTAACATAGTAGAGAGAGTATTTTATAATAAAAAATAGCTATAAGACATTTAGGTGGGCCTGTCATATATGTGAACAGAATTAGATTTGAAGTCCTAAGTTTAAAATCAGAAGACTAACACCCATATTGAGAACACCAAAGACATGTGCTTGACGGAGTCAAGGCTTTACGAGCAACTAGCTAGTGTGCACAAAACAGATGGGACAGACCCCTTATGCAGAGAAGAAAATACACTCGGGAAAGCCCAGAAGCACAAGAATCATCCAGGAAAGCAAAAGACCATTATTCCTGAGGCATCAAGGGTAATGGATGGACGGATACTGAAAATAAAGCAGAATAAGTCAAGTCTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACTGTACCCAGTAAGAAATCTGGATTCTACCAGAACAATGAGAGGTCATCAGAACCGTTTAAACAAGGGAAACTGTTGGCATTAGCTAAGAGAAAGCAAGCTGCAACTTTTAAGATGGGAAGCATGACATACAATCCTACAATAGCCACCAATATACAGGAAGGAAGAAGGGAGCAGGACCCTCAAGCAGTACCCTCCCTGGGGGAGGGTCTATAACAAATCAAGAAATCAGGAAAGTGCTTGGTGGGCACACGATCTGAACATGGTGTTAAGAAAAGATAAGCAGAATAGACATGATCATAGATAGAGAACGCAGTGACTATACAGCTGCCATGTCGACCATGTGCACCAGGCACCACAATTTGGAAATGCTTGAAGGTAAGCTAAAATTGCTCCTATCCCTTATGTCCGGGGGTGAGGTAAGCTAATAGATAGAGTAAGATTCTCACCAAGGAGCAACAATTCTTGGGTTTATTTGGTTTACCAGATAGGTCTTACAGCACAGCCCAGGCTGGCCTCTAACTCAATATGTACCCTAAACTGGCTTAAAACTCGTGCTGCTCCTGTGTTACCTGCTTGAGTGTTGAGATTCAGGTGAGAGCGTGGTTTCCCTAATATTTCTTCTTCTAGCCAAATTACTTCTAGAATATAGCTTATTTATCCTTGACACTTTGAAGTTCTTATGATACTTGAATTTCAAAACATTTCCCATACTTGCCTACCAATCATGCAGAGAGCTCACAAATAAACAGACAGCAAAGTCTGGATGAAGATATAATCATTACTGTTAAGCTAAAGTCAGATCTGCAGTGCTAGAAATCATCCAAATTAAAATAAGATTAAAACCACAATGGGGACCCCAGGAGAGAACAGAACACCCTTTAGAGGCCCTGCAGAGAAGTGAACCCTCCACAAGAGCAGCTCCACTTTGATGACCAGCAACAAACAGCATGAACTTCCTTTTTCATTAAGTTAAACAAGGGTGTCTCAGCTTCTTCCATACACATCTTCCTTCTGCTCAAGAAAGGCTTCTACATATATATATATACATATATATGTATATATATATATGAATATAAATCAAATATTTGACAGCAAGAAACCATAAAACAATTCAAAAACAATTTGATATATAGTTGCATCATTTATTAAAGAAAAGAAAAACTCATACCAAGGAGATGAACATGTATTTAATTTTATGCAAGAATTAACTCTCAGTTAAGTACCTAATAATACTGCAAGGCAAAGAACATCTCTTCGTTTTTCAGAGCTGGATATTGTGGATTTGTAATAGTCAATGCTGAGAACGCTACTGTGTCTAGGCACCCACCAGATATTGGCAAAATTATCTTTAGAGCCATTTCAGAATTTACTAGTCATCCTGTCCTAATCCCAAACAAAAAGTGATTTTTTTTTAAAAAACTGAAAACTTAAGCCAGCAACTAAAATAGTAATTTTTAATATCAAATATTCTAACATAATACAATCTAAAACACCACTATTTGATATTTACATGCCAAGGAATGATTGTAAGAAAATATGAAGTTTTCTATGGTCCAACATTTCTATAGCTTATATAAATTGTTTGCAATTCATGAGACACAGCAGTCTCCAATCTGTGTCAAGGTGATCCAGGCAGCAGTGACTAATGATGTAAGAGGTGACAGTAAGCTGTGTTCTGCACAGCACAGAGTTCCAAATCTAGGCTGTAGTGAAGTTACATGATACAACACAGGCAATCACTGGCATAAATACTTCATATTCATTATTTACTTGATTTTGAATTCATTTTTGTTAGTTGCACAATTTAGAATTCTTTGACTATTACCAAATTTTTCTACAACCCCCACATTTGTTATGTAACCTGTTCTGACGTTGTGACCGAGTTTACCAAGCTGTGTCCTACACTACAGAACACAGTATGGCAAAAGATATATACATACATGTACACATACCTCCACAGACTCCACACATACCAAGGAATGACTGTAAGATAATATAAAGCTTTCTACG
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Comments:
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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finished running aos
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AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
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Entered all non-repetitive oligos
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DESIGN COMPLETE
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Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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