High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by am9
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 109006
Chr: 8
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-304H23 : RP24-239M16 : RP24-309A6 : RP24-489E12 : RP24-217I16 : RP24-441F23 : RP24-133J12 : RP24-133L14 : RP24-280K15 : RP24-68O21 :
Instance: Plate 113: Well D05: BACs RP24-239M16 RP24-309A6 RP24-489E12 RP24-304H23
Instance: Plate 199: Well E01: BACs RP24-239M16 RP24-309A6 RP24-489E12 RP24-304H23
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 36499763 36499812 50 GGAGGTTTGAGAAAGAAGCACACATAATAAATAAGGCGCTGTTTATCTTA
U5 36505148 36505197 50 TAGACATTCAAAAGTTGTTAGCAGTAATTTGTTCAACAAGGTCAGAAATT
U3 36505237 36505286 50 CACACAAAGTAAAATGCATACGTCACTATGAAGACAACGACCCCTCATGG
D5 36505870 36505919 50 CTTATTTGACTCCTGCCTAATACAGTTATGATATGTAAGCGGTTTTAACT
D3 36505923 36505972 50 AACTTTCAGGCTGTTATTGTGTTATTTTTGATGATTTGTTCCCATGTGTT
G3 36510090 36510139 50 CATTGAAGACCTATTAGTCTATTACAAAGAGTTATTTATAGCATGTAAAC
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 37568974 37568976 3 TTC
G5 37562817 37562866 50 GGAGGTTTGAGAAAGAAGCACACATAATAAATAAGGCGCTGTTTATCTTA
U5 37568202 37568251 50 TAGACATTCAAAAGTTGTTAGCAGTAATTTGTTCAACAAGGTCAGAAATT
U3 37568291 37568340 50 CACACAAAGTAAAATGCATACGTCACTATGAAGACAACGACCCCTCATGG
D5 37568924 37568973 50 CTTATTTGACTCCTGCCTAATACAGTTATGATATGTAAGCGGTTTTAACT
D3 37568977 37569026 50 AACTTTCAGGCTGTTATTGTGTTATTTTTGATGATTTGTTCCCATGTGTT
G3 37573144 37573193 50 CATTGAAGACCTATTAGTCTATTACAAAGAGTTATTTATAGCATGTAAAC
G5_U5 37562817 37568251 5435 GGAGGTTTGAGAAAGAAGCACACATAATAAATAAGGCGCTGTTTATCTTACATCTTATGTCTAAATAAATTCTAAAGTGCAGCAAAGGCTTAAGTGTAAGAAAATGAAATTAGGGAGGATAGCGAACTGGTTTTAACATTATCCTGATACAGAGGGCCTCTCTATGTCTTTTGTTTGTTTGGTTGGTTGGTATTTTTGGTTTTGGTTTTTGGTTTTTGGGAACAGCTATGCACTGATCATGGACTCCTGTCAGTTCCCCTGTTTGCTTGCATTTCCATGTAAGGGTTTCTTATTCCCTATGTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAGATTTATTTTTATTTATTATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACTCCAGAAGAGGGCGTCAGATCTTGTTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCTGGACCTTCGGAAGAGCAGTCGGGTGCTCTTACCCACTGAGCCATCTCACCAGCCCCCCTATGTCTTTCTGGTTTGTTGACATTGAACTCTCAATCAACTGATTCTACTTATGCTTGCACAAAGCATTGTCTCACACAGTCTTCCCACAGACACGGTAGCCTTCTCTCAGGGATCCCACACGTGTTTCAGGGAAGAGGGGTGCATTTGTAAAAAGCAAAAACACAAAAAATTGCGAAAACTTAGGCACGAAATAAACTGTGAGGAAGACACTCATATATATAGTATTAGCTGACATAGACTCCACTTAGCCAAGGGCAGAGGAACTTTTACTTGTCTGGGCTTTGTTAGGACAACAATGTGGGAGACACCACAGACTCCAGAGACTTCACTCTGAGGTTTTATGTAAGTAACCCTGGTGTTACCAAAACTGCGAGGAAGTCATCAATTAGACTTCTATTTTTCTGGGCATGGGAAGAGTTTGCAGGAAAGAATTGGGCACAGTCTGTTGTTTCTGGGCAGTTTGTGAGAAAGGTTAAGTTTTATAAACTTTTACAAAGCTGGGGGATTTCATCCCAGAAAATCGCAGATGGCACCAGAGCATGAGGTCAGCCTAGGTGGGTACCCGACAGCTTGGTTTCAAAGTTCTCCTGTGATGGACCAGATACTTGCGTGGCTTAGTCGGGCCTGGCAACTCATTAAGTGTCCAAACCAATTAGTGCCTTGGATTTTCTTCCCAGACAACAATCTAAGGACTGCAGCAACTCATTTTGTCCCCTTATAGTGCACACACCATAATGACCTTACAAGGGCTGTCAGTGCTGGGTTTAGCAATATAAATAAACCTTATTAGCTAGATAAACAGCTAATATGGAATGAGTCAGTAGTATAGAAAGACTGTATTGAAAACTTTGATCCTGTAAAAGTATAAAGTCTAAAGATCTAAAAGCAAGCAGAGTACTATATCAGCAATATTGCTAGTAGGAACTGACATGTAAAACGAAAGTATGCTAATGAAAATTCAAAAACGAATTGTTGAGATACTAAGGAAATATGCTAATGTGACTCTCACGGTGATCCTGTCCACAACCAGAATAGGAAAGTACAAAATCTTTGCTTGCTGTACAGAACATTTTTTTTAATTAGTGTAAGGCCCCAGATCCTGTCATTTGTGACATCATGTGGGAACACAGAATACATGATGCTTAATGAAATAAATCAGACAAAGAAAGACAAAGGTTACATGCTTGCAGTTAGATGTGAGACCTGGAAGCATTGAACTCAGAGTCTAGAGAAGTGATTACAGGAGGTGGAACAGAGATGGGGTGAGAAGAAGATGTGAATCTTGAGATGTTAATCAAATGATGCCCAGGTTCATTCGTCAAGAGAAGCAAATCTACATGATAAAAAGAAAAATGCCAGCATCCCAAAGCCAAATGGTAAAAGGATATAAATGAATCCTTTTATTTATAAGAATTGCATGAAGTCGGAGAATTCAGATGTGCAGGTCATCTACATACAGGGGTTTAGTTACAAAGCTATGGAAGGACACACAATGAAAGAAACCACTCCATCATATCACGTCTCCAGACACTAGGTATCCCATGCTAGGGATAACTCTTCCGACCAGCTCACTATGCAATCCTGACCTATTTTGTGTGACTATAGGAGCCTCTGGATGCATGTGATTGGATGTCCCTTTCCTGAGTGCACAGATGGTGGTACCGCATAAAGTCACCCATCTAGCCTTGGACATCTTTAATATATTACATATTCATGTATATGAGTTGCCCAGGATTAAAAATCTGCATAGTATCCAGGCTAATGGTACCACAATACCAGACTATTTTCTCCCTGACTTTTGGCACCATAGATTATAAGAAGAATGGTAGTCTTTGAATCCCTCTCTACAAATCACTAACTATATCTGTAGTAAATACATATTTTGCTCATTTAGTTCATATATGATTTATGTACTTAGACAAATCAGTAAATAGTAACGCTTTGATTACAAGATGAAGGGTGTGTTTTAAAGTAGTTGAAATTTAAAAAGAAATAATGGTATTCTAACCAAAATTCTTCCGCTGTGCTGGATTTAGCCAATAAATAGGAGGGCTGGTTGGGGAGGGAAGAGCTACGTTACTAACAAGGCAGAAAATTGAAAGCCAGGCTTTCTCCAGACCCAGGTCTCTTAGCTTTATGAGCACAAAGCTTTTATAGGATCTTTTAAGAAGCCATATCAGTAAGGCAGGCACTGAACTAGCTATCATTTTAGAGTGGTCTGTTTTTTCTTCTGATAAATGGTTGCTGCTATTTGTAGATCACTGAGTATGCTGGGCTCTATAAATCTAAATAAAAGTTTTAATTAGAAAACCGTGACTCATCTTCTATTTTAACCGCCCCCCCCCCCGAATAGCTAATTCTGCAGCTAAAAGTTAGGATAATATAGGTAAAGTGTATGGTGTATCTGAATAAAAATCCCATGAAAACATCACTTTGTATGATGTCGCCTAATAAAAATTAAAATCAAGTTGTTGGAACATAGGAAGAGGGTATCCCCCGGCCCCTCTCTCATATGCATATCCCACAGGTAAAAAGAAAATGGCTGCTTTTATTGCAGGGTGGAAGAAGTCAGAGAAAAACTGCTTTCACATCCCTTGTTTGATCCAGAAAAATAATCTATGATAGCTGTACTTATGGCTTGAAAGTCTGTAGCAAGTAAAGGGACAAAGACAATAGCAAGTGAGAGTGAGACAGAAGCAGCAAGTAGGTAGAAAGCATCATCAAATCAGTTTGCAACATCCAGCAGAAACCATCATCCAAGCAACATTTACAACTTCCAGCAGAGAGAGTGAGTGAAAGAATGTCTCACTATAGAACCCAGACTTGCCTGAATTAGACACCCCCCCTGCCTCAGCTAAGGTGTCTGCTCCCATATCATGTGGGAAATTACAAGTGTCTGCCCCCATACCATTCTGGAAACCCAAAAGATAGAGATTAAAGGAACATGGAAACTGTCATAAACCACACCTTCTATGGTTCAACAGCAGAAACACTGAGGCAAGATCCAGGAAACTTTGCAATTGACCCATGTGGCCATGGCAGTTTATCCAGAATGGGCTGGTCTGTTTCATATCGTTTGCATGTAGCATGAAGGAAGCACTTGGGTTGAAGTTTTTAGCTAAATGAGTTCATAAAGCAAGAGAGAGACCAGAACTATGTCTGGCCAATGACATGACTCTGCACTCAAAAAATGAACTTAAAATGTGCATTTTATTTGTCTCTTTCAACAACAATAACAAAACCATAGAAAAAGAACTCTTCTAGATGAGATATTAACAAAGAACAAAATTGTTAATGTAGTTGTCTCTTGTCTGGGGATGTACCTAGGATGCCAAGCTCTTGCCTAGCATGATGGGGCTCTTGCCTAGCATGATCAATCTCAAATACAAATGGAAAGCAGGGCGAGTTTTTCCTACAGATATTAGAAAAGTATTCATTTTTGTTATTTTCATCAAATATTCACCCATATTGACTCAAAAGATTTTGATGAATTGGAGCTGGGCATGGTTATTAATGAGATCTTGCAAGGGAACAGGAGTGTCATGGACTGGAGCCTTCTATGGTATGATGAATGCTCAGTATACATCTGAGATCGTTGGAGGATCTGGCTTGTTGATGGGCGTGACTTCCTCGTTCTAGGAAAGTCGTCTCCTTGCCAGCATCTCAGAGTTGCGCTCAGAAAGGAGCAACTGCATCATGTCTGGAGGTTCTGTCCAAAGCGATGTCACCAGAAATGAACATGGAAGGATGAGTGGAGGATGCTAGAGAGCTGGGCACCCAGAGGGAAGAAACCCCAGCCTCATTGTTATGAAAGGCTTTCTGAACATCCTCCGCCATCTGACATGATTTATGAGCAGGTTCTCACCAGAATCCTCAAAGCGATTTCCTCTTTCTTTTCTCACAGTGTATCTCCCAAGCCAATAAAAAGAGAAATGAATTTCCAAGATACTTATTAAAATAAGGCTATCATCGTTGACACAGACAGGACTTTAACACTGCAATACAGTGTGATTTATACTTTCCCTGTGACTGTCTTCAAATAGCAGACACTTTTATTCATAAGCGTTAGGAATAATGGCTATGAGATCTAAAATGAGTATCTAATCTCTTTCTATTGAAAGAATAACATTGGAAAACTGATTTTTTTTTTTATTCACCTCCTCTCCACTGTCACAGATGGCACCAGGGAACCTTCCTTTATTTTTTTCCTGCCTCGTCATTTTGAAATAGTATATTAAAATGGAATTATTAAAGAGCTGGCCCAGACTTGTTACTCAGAAGCAGCAAACTCTGAATTTAACCAGTGAGTGATCTTTTCATGCCCCAGAAAATCCTCTAAATAAGAAATGCCAGGAGATTAAAAAAAAAAAAAAACTGCTCCCTTGATTTCTTCACCCACCTCTGGGACCTAATTTACATATTTGAGACTGAAGATCATGCTAGGAGCCAGATGCAGATGCATGTCCCTAGGGTGCCAATTTCTTG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U3_D5 37568291 37568973 683 CACACAAAGTAAAATGCATACGTCACTATGAAGACAACGACCCCTCATGGTTAACCCCAGTTTCCGGATGTCATAGCTTTTGTTTCTCAGGGATGAGCCAGCTCATGAGATTAGGTTGTGCTACTGTGCTGAGCTCCATGGGCAATGCTTCAATAAATATTCCATACATTTCCTCTCTTGTGTATGAAACAATACGTAAGTGTTCTCTGAAGTGTTGCATCTTGGTCATTTACTATAAAGTTCATCCATTACAGCACACATTAACTTGCATCGTTCCAGGAAGGACAGCATGTGACGCTGGTTTTTCTCTTACAGGTTGTGGAACTGGAAAGTATCTTAAAGTGAATAGCCAAGTCCATACTCTGGGCTGTGACTACTGTGGGCCTCTGGTAGAGATTGCCCGGAATAGAGGGTGTGAAGTCATGGTATGTGACAACCTTAATCTTCCCTTTAGGGACCAGGGCTTCGATGCTATCATCTCCATAGGAGGTAAGGCAGCCAGGCTTTCATACTTTGCCATGAAAAAAAAAAAACCCACAATCAGACAACTCACATGACTCAATGTCCATTCTGTATAGAGGTCTATGCAATGCATTTTGTCTAAATTTAAAATATACACACTCTGTCGCATGACTTATTTGACTCCTGCCTAATACAGTTATGATATGTAAGCGGTTTTAACT
D3_G3 37568977 37573193 4217 AACTTTCAGGCTGTTATTGTGTTATTTTTGATGATTTGTTCCCATGTGTTTCGCTACATGCAAGAAGGGTGTCGGAGCGCCTACTCATTGAAAATGTACTTTGCTATATTGAGATCAGGTCAGATCCTCCTGACACAAAGGGGATTATTCAGGTTTCATGTTAACAAAAACAGACTACAGCAGTGTCCTTGAATTTCAACAGAAAATTCTAGAACTAATGTATTAAACATCCCCCCGAACAAGTATGCCATCCACTGCTACTCAAGTTCCCGGAAAAGGCAGACCCTACCTGGTCCCAGATTTCATTGTCTTAGCATGTCTTTCTGTTCCTAATTCTAGAATTTGTTGATGAATCTAGGGAATTTTTTTTCTCACATTTCACAAGCCTCCCCAGGAAACTCCATGCCAAAGTGAACAAAACAACAGGAATATCAGCAAAGTCCATGCCTGGAACACGCACAGATGCATGAGACGTAGCTCATTTTACGCTGTACTACTTACTAGGAAACCCTGTACTAAAGTAATCCCCTAGCCAGGCAGGGTGCTACACACCTTTACTCTCACTCAGCATTTGGGAGACAGAAACGAGTGGATCTCTGTGAGTTGAAGCCAGCCTGGTCAACATAGCAAGCTGTAGGACATCCAAGACTACACGGAAAGACTTTGTCTGAGAAGTCCAAAAACTAGAAACAAACGACTCTTCTGATAAGTTCTTTTCAGTGGTAACATCTTTTGCAAAGCAAATTACTTGATTGAACACATTTTTTTAATTAGCCTTTTGACATAACAAACTTTATCAAACTATCAAAATAAGGTGATCTTAGGGAAGTTGACTACCATTCATTTTATATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAGATAGAGATAGAGATAGAGATAGAGATAGAGATAGAGATAGAGATAGAGATAGAGATAGAGATAGAGATAGAGATAGATATAGATATATAATACTTTCTTGAACTAGACAAGAGGTTGTTAGGTCTCCTCAGATGGGAACTGTATCTTTGCATAGTGGGAAGACACAGGCCTGGATGCCATAACTTTAGAAACGGTCAGGAACAGTGAAAGATGGTTGCCATGGGAACCTCCCTTATGCTGTCTTTCTTCTCTGCACTTGAGACTATTAGGTGCCTTTTGTGGTAAGCCTTAGTCCATGCAGGCTGCTATAACTAAGCATCACAGACCCCTGTGTTTTAAACAATAGACTTTTATTTCTTCCCTCAAAGAACCAGGCATGCCAGCTCCTTGAGAGGGCTTGCAGATGCCTACAGCCTCCATCCCTTTTTGCTGATTCCCTGTCTGACAGAGGTAGAGGCTGAAGATCAATCTCTTCATATGATGGCAGTAATCCAGTCATACAGGACCACACATGAGCCTAGTGATTTCCCAAAGGTCCCATTGCCTATGGACATAGTCTTTGTTGGAGTGACACAGATGTGTTAAAGGGCTCATTTTGACCTAAGCAACACAATGCTGAACTCTGAATCTTTAGTGGGAAAACATTTTTATTTAATCACCTTTCTAAAGAACTAAAAATTACAGAGACTTTAGGAGAAAGATAGAGTATTTGTGCTCATAAGCACAAAGCTGTTTATGTTGGTTTTGGAGTCCACAAGGCTCCTATCCCAGCACCACTCCGCTACTGTGACAGAGTGTGTAGTGTTGACTCCTTATCTGCTTTTCAGAAATGTGCCATGTTCCTATGTTCTCAGCTTAAAGGTCCCACCTTTCCCTTATAGAAAATGGAGGATGCTACACTCTCATTTGTGTCTGTTCCAAAGCTTATGTTAGAATGTGTCACAGCTCTTCTGAATGTATGAAGCCTGTTATAGAAGTGAGTTCATTATCACAAGGAAAGTCCCTAAACAAGAGAGTTGGAGAGAGATTGGCACAACTTTTTCCAAGGAGAGGTGAACCCCAGATAGGGCATCTAGTACAGTCAGGTTTCTGATAGGAACATGGGAAGACTTACTTATTACTTTCATGTCTCAAAGGCAACTTGCCACTGAAAAATTCCCACCAAACATAGCTTATAACTCATGGATAAGTGTCACAATGTATAACTCATGGATAAGTGTCACAATGTATAACTCATGGATAAGTGTCACAATGTGTAGGCAGCTTCGCTAAAGAGTCTCCTCTCCCCCAGCAACTGCTTACTCTTTGTATAGTCTCAGTGAGCGGCTTATAAGTCTTGTAAATTTTGTGAACTTCTAGTTTTCCAGGGTCTCACACTGCACCTTCCTTGAAGTTTTCAATTCAGAGGAAATATCTGTGTAACAGTGAGCTTGGCAGAGTGTCCCCCTCAACTCCCCATGCCTCACTCAGTGCTCTTTATCATTTGTGCCCTAAGCTATATCAGGAGGCAGCCTGAAGGTCCTCACCTATGCTGACCCGCTGTTTTGAAGAATTATGCTCAACTGGAAACACGACCCGAATAGGTTTCTATTGTTTAAAGTTTATTGTTTCATGTTTCTATCGTTTATCGTTTACCTAGTCTTTGGCATTCTGTTACAGTAGCAGAAATGCACTAATACACCCCATTACTTTCTTTCAATTGAAAAGGACTTGAGAGACATGGTGGCACATAGCTATAACCCCAGCCCTGTGCAGGCTGAGGCAGGAGAATCATAAGTTTAAGGTCAACCTGGAGTACACAAAGAGGTGTTGACTCAAAATAAATTAGCCTAACAAAAGTGTCCCTTTAAGTTCCCAAATATGCTATTAGGAATTATAGCTATGAGGTAACATGATAAGGTCATTTTCACATTTAGAATAATATGAGAAGTTTCAAAACTCACTCTTACATTCATATGTATTTATTCCCTATTTTTGAATTTCATATTTTGGCATTTCTGGCTTGTCCTGACATGAGGACATATCTTTCCCCCACTTCTTTATTTTCTTACGTTTTGGAGTCTTTTAGTAAAAGAGAGACAACTGCCGTACTCAGCTATAGGCACACTGGGCTTCCCTGGCAGATTCCGAGAAGGAACACTTTTTGCCCTTAGAGCAATTGGCAAACTGTCTAAAATCATGTAGCAGTGTAAACTGGTTGAATCAACCTCTTACCTCACGCCAGGCTCTCCAACACCCAACCTACAGGGAACATCCGGCAGTACCCGGTGACGTTTAGGGGAAGTCGCCAGGGGACAGGTATATATGTGCTATCGTCATTGACAGGAGGCTCCCCAACAACAGGAATCCTCAGGCCCCAAACACCAGTGAAAGCAGTGTTTTAAAGCCTGCTTTCTGCCAAACCTGGAAGTTCTGAGTGCTCAGTAAGACCTACGCACTTAGAAAGTTGAAGAACAGTAAGTCATAAAGTGAATGACTTGACAGGGTGTTAAAGGAAACCTGCTGTCACCATTTGGTTCTGTAATCCAAAAATTGGATCCAAGTCATCTTTTTAGCCTTTCCACCGGAAAATTGCTCTAAGTACATATATGCAATGTATATATGGACTGCAAATATGGAATACTATTTTTGCATTTGAGTTGTGACTATGATTCACCAACAAAAATGTTCTTTTACTTCTTAAAATTTTCAACATAGTTTCTCAGCAGTGACATTTCGGATAGATTTCACTCTAGTGATGTTCATGGTGCGTCCTACCAGAACTTGTATATGTGTGTGTATATATAACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAACACATTTGACATGTGTGAGGAAATCTTCCTCTATAAGCTTCTTTTTCCTCCAAAACATTTGACTTGGAGCTGGAGGGATGGCTCAACTGTTAAGATCACCCACTACTCTTGCGGAGGACCCGGGTTCAGTTCCACAACCCAGGTTGGGTGGGTCACAGCTGCCTAGTGCAGTCCCAGAGGATCCAATACCCTCTTTAGCCTCCGTAGGCATCTGTATACATGCACCGTTTGCTCACACAGCTACATAAGCATAAATAAAATTTTAAAAACACTTGCTTTAAAAGTTTGTTACCTACTGCCTGTTACATACACATTTAAAACACAAGAGTCACTTTTCTGCATAAAACTATGATTAAAAATGAATTATTTTGTACTTATCAATAAATGAAGACTTTGTTTTCTATACAACACCCTTTGAAACCCAGTAGGGTCCTGGAACATTGAAGACCTATTAGTCTATTACAAAGAGTTATTTATAGCATGTAAAC
U5_15 37553203 37568251 15049 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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
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finished running aos
AOS Produced 7 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 13 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 8, start 37568606: end 37568779
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
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DESIGN COMPLETE
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Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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