High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by dk3
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 108902
Chr: 19
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-157O17 : RP24-274G15 : RP24-387C5 : RP24-193D24 : RP24-289M12 : RP24-206K22 : RP24-113H12 : RP24-542I1 : RP24-193E23 : RP24-113G13 :
Instance: Plate 130: Well A03: BACs RP24-157O17 RP24-274G15 RP24-387C5 RP24-193D24
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 25402629 25402678 50 AATCGAATATCATTTGGACGGAAAATGGCACTTGTTTATAAAGTTACAAT
U5 25408598 25408647 50 CCATGATAGGTAGGATATAACTCCCCTCTTTTCCTTCAAAGAACTGTAGA
U3 25408716 25408765 50 AGACCACTGTCTCATAATGTTATGGGTTGAATACTTAAATTGTCCTTTTA
D5 25411904 25411953 50 TTTTTCTCTGTCATAGCAAAGAATATGGTGAGATGGAGCAAGAATGCACC
D3 25411999 25412048 50 TAACATTTTCCATCATGAATTGTTGGGGACACATCAAACCCTAAGAGAGA
G3 25415813 25415862 50 AAATCCAGACAAAAAAAGAATGGGAAGGGAAACTATTACAGAATTGTGTT
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 25486444 25486488 45 CATCCCCAGGATAGCGACATCAGTCTATTCCTGAGGGCAGAGGGA
G5 25477119 25477168 50 AATCGAATATCATTTGGACGGAAAATGGCACTTGTTTATAAAGTTACAAT
U5 25483088 25483137 50 CCATGATAGGTAGGATATAACTCCCCTCTTTTCCTTCAAAGAACTGTAGA
U3 25483206 25483255 50 AGACCACTGTCTCATAATGTTATGGGTTGAATACTTAAATTGTCCTTTTA
D5 25486394 25486443 50 TTTTTCTCTGTCATAGCAAAGAATATGGTGAGATGGAGCAAGAATGCACC
D3 25486489 25486538 50 TAACATTTTCCATCATGAATTGTTGGGGACACATCAAACCCTAAGAGAGA
G3 25490303 25490352 50 AAATCCAGACAAAAAAAGAATGGGAAGGGAAACTATTACAGAATTGTGTT
G5_U5 25477119 25483137 6019 AATCGAATATCATTTGGACGGAAAATGGCACTTGTTTATAAAGTTACAATTGATCAAGTAAATAATGCATTGAGTCTGGGTGAACTGATTTCTAACGTGCCTGTATCTCACTCACAAATGGAGAAGAGCCACAAGAACATTGCTACACTGCTGTTGAGGCCACAGATGGGCCTTTTTATGGGGTTTGGAGTTTTATAGGAGGTAAATCTACACATAAAGGCTAGCCTTATCGGTGTGATGATTCCGATTTCCCTCTGAGCTCATAGGGATCTGTCCTGGACTTGGGGAGCCTTCTCTAGTTGAGGCTGTCACGGTTTTTTGTGGTCAGCCCTAATTTCAGACCAGACTGACAGGGTAGAGATGAGAGGAAAAAGGACTCGATGACCTTTGATTTGCAGGTGTGAGGCCAGCTCAGGAAGGATGCTGGCCTAAGACCCTGCTGCAAACCACATTCAGTGAGCAGCGGAGTCTTCCAGACAGGGCTGCTGCCAAGGCTGCTGAGGACCCTCCACTCCTGCTAAGCCTCTTGTCTGTTTCTTTTTCCTATGTGTGCCATCTGCACTAGGCTGTGAGCCCAGTGAGAGTGGAGGTCTTGTTTCTTTCCTTTACATTGTATCCCCAGCTCCTACAACAGAGAGTGTTAAACAGTGAAGAGAATGGAGCATAGGTTTTGTTTGTTTGATTGTTTGCTTTAAAGATTTATTTATTTTATGTATGTGAGCACACTGTTGCTCTCTACAGACACACCAGGAGAAGGCATCGGATCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGAACTTTTGGAAGAGCAGCCAGTGCTCTTAACCCCTAAGCCATCTCTCCAACCCAGAAGGATAGGTTTTAATGCTTCTCAATATTGATTCTAAGTTGCACACATAAATACCTGTCTTCCCTGTTCTACACTTCCCAGTGGCTAGTAAGACTGTTGCTATTCTTGCAATAGCACATACCTTTAAACCCAGCACTTGAGAGGAAAGCAGAGTTCTCTGAGTTCAAGGGCACCCTGGCTCACACAGTCAATTCCAGGTCAGCCAGAGAGATACACCATAAGACTGTATTTTTAAAAAGAAAAGAAAACTCCCAAACCATTTTAATTGGTGCTCTGAATTCCATTTCTCTTTGCCAAGTTCAGTCCAGTACTTACGGACGTAATTGCGATAGCCTTAATTAGCCTTTATCCCCTAGTTGGTGGCTAAATACTACAAGGGGAAGGGGTAGGTTTCCCAGCTCTTGGTATAGAGCATCTTCTATACCATCCCCTGTCTCACCTATCCTGCCCCTACAGACATAGCCCTCCCCCACCTTTCACATCCCCTGCTCCCACAGACACAGTCCCACCCTCCTTTCCTTGGTATTCTTACCATCACTACCTCCCTGGTCTTCAGCTGCTCTTTTTGAGCATCCCATTCTGTTTTGGCCACTCCTCACGGATTATCTTCTGGCTTGTTGATCTCATACCTTTGTAACTAACTTCAACCCGTGCTGTGTTTGACATTCCTTTTTCCCCAGCTAGCCTAACACCTCATTTTATTTCCTATGAATTTTTCCTCCCACTCTTTCAACAGAATAGGGTCATTTTTCTGCATCCAATAACTTTTCATTAAAGGTTATACAAGGAGGACAGAGGGGTGCTGGGGTAGTCAGACTCCGCCAGTACTGCATTCCAAGCACTCAGAAAATTCTCGTAAACACCTATGCAGCTCTCCAGTTCCAGACCGGTTGGAAGCTGTTGCTCTCTTGAGTTCCACTGGCCAGTGGAGTTTGGGCTGTGCGAGAATGGACATAGTTCTGTTATTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAGATCGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCAAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCACCACCCCTGCCTGGCTATATTTCTGTTATTCTAAAAAAGGTTTTGAGACAACTAAAAAGTCATCTTATCATTCAGGTATAAGTTTTCCCCTAAAACTCAATTGTTTTTATACGTCCTTACTCTTGACTTTGCCAATTTTAATAAAAGCCTGAGTTTGGTTACTTAGCATTTTCTTCCTTTTACAATACAGCCCCCCCCCCCCCCCCGCAATGTGGGGGTAACGGTGAGAAGATAGCACAGGATAGACACTGCTGCATCTCTTAGAACTCAAGGTCACTCTTTAGGCTCTTCAAGAGTTTATTTTTTGTTTGTTTGTGGGTTTTTGTGGTTTTTGTGTTTGTGTATGTATGTGTGGTGGTTTTGGGTTTTTGTTTGGTTGGTTTTGGTTTTTGGTTTTTGGAGACAGGGTTTCTTTGTATAGCCCTGTGGAACTCAGTCTGTAGACCAGGCTGGCCTAGAACCCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGACTAAAAGCATGTGCCACCACTGCCTGGCTGTCTTCAAGAGTTGTAATATCAGCTTTCATCCTCAGAGCCGCTCGAGATCCAGATTCCTTCCACCACAGGTTCCTCCATTCCTCATGTAAACTCAAGTCCAAGTTGACAGCTATCGACCCTAGCATCACATCTGCATGGGAGGAAAAAAAGAATTCAAAAGATTATTTCTAGGTCTCTGGAGAGAGGTTTGAGTTGGGGTCAGAGTGGGAGTAGGGGCTGTTTCATGAGTTGTCTATTAACAGTCTTTTCAGCCACCTTCATGCCTGCTTGCTTGAGTATGCTTAGATTTTTACTGCAGTACATTCCTATATATATATCACTCCTAGTTCCACACCCTAAAAACAACTGCTAAAGGTGTTTTAAACATCTACTTTCTTTCTAACATCTTGTTAACTGGCATGTGAGTCAGTGAGGAGATGTTTTGAAATTGTAATCTATTGCTCTGAGGATGTTCATAGTATAAAAGACAGGTACTTGTACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCTGAAAATAAATATGGGCCCTATAGATGACCTAGGCATGTTGACAGGTGCTTGTACAGTTACACTGGAGATCAGGAGATTTAAAAAAAAAAAAAAGTGAGATTGTGTCCTGGATGTGGTGACCAGCCCTCTTTTCCAAACACTTAAGAAGCCGAAGTAGGGGAATCTCTGAGTTGGAGGCTAGCCTGGGCTACAGAGCTAGTTCCAAGGCAACCAGGACTATCTAATGAGACTTAAAGGGGGAGGGTAATTAAATTAAATAAAAACTACTTAAGTGAGACTGGATATTTCAATGTAATGGAATACTTGGTACCCAGGATAATTGTAACAGGTGACACTTTGTTGGGGGCGGGGGCAGGTATTTGCCTAGTTGTTGTTGTTGTTGCTAGAGAAAGAAATATGGACTCCAGGGTCCCTTTCTGTCGTCAGGATTCAGCAGTGCTTGGAAAGAAGTCTGCCATGGTTAAATTCTAACTGTCTCTGATTTCCAGGGGGAGAAGTCCAAAGTGTCACTCGGGGATAATTGAGAATGACCGGGACCTTTGGTTAGCTACATGCTGAGCCTGGGAAGTAGCTAAATATAGGATAGTTAAGTTTTGCTGCAAAGTATGTTTTGGGGTTCAGGGGGCATTAACACCCGACTAAATCCACTCCCTTTTCCTATGGAAAATGACGCAGTGGGAATGCCCACAAGAAAAAAACAGAAGAGCCATGCCAGCTGCCACCGGCTCAGACACGATCGCCTTTTTTCTTTGTAAAGTCTCTGTGATACTCTTGCAAGCACGCTTCGCTCGCTCTGCTTCGTTTGCATTGGATAAAGGGCCTGTTTTCATTCATTTTCTTGAAGATCCGTGGCAAGGGCTCAGCTATAGGGGGGAAACTATTGGTTACCGGTCACCTGTCAGGAGCTAGGCTGAGAAGTGCCCTTCAGTGCTCGGGAACAGTGGCCAATTGTGGCCCTGCCCTTCCTCAGGTGACCCTGGCTGAGTTTGCTGGGCCTGCCTCCAGAACACAGACTCTTTGATGAAGTGTCTGGCCCCGGGGACAGGCTGAGCCCTGGACAGGCTCACATTGCCGGCTTTATTTGGGCTTCTGGCAAAAGTCGCACAGAAGTGCACAGGTTTTCCCGAAGAAGGCGGCTTCCTGTTTTCATTAAGACTCCAGTAGGGGGGATGCCGGACCGCTGAGTGTGCTTTGCGGGGTGACGGCGGCGGGACGCGGGGAGCCCTCATTGGTGCAGGCTGGGCCTATGGTGTCCCTGCGGGCCTGGGAGGTGTGCGCACCAGTTGACAGGCGTTCCCTTAAGTGGAGAGGAGCGGAACCCAGGCCCTGGGTGCGGCGGCAGGAGGTTGGCCTCTTGTGGGCCTGCGGTAGGTGAGCTGGGGAGGGGCTGGCCTTCAGGCTGGCGGCCGAGGGAGCAGAAGGAACTGGGCCGGGTGCTTAGGAGGTTAGGGCGACTAGCAGATGGCTTCAGCTCCCTCTGCGCTGGACCCTGAGGCTCTTCCCCCACCCCCCCATCCCCACACCGTGAGTATTCAGCCCCCACCCTCCACCCTGAGATGGTGGGCTCCGTCCTTCTCTCCTTGCTTCCTTTGGAATTTCAGACACTTCTGGAAACAGGTCTGGCTGCATATTTTGAGCTAACTCACTGTCCCGTGGAGTTGGAGAGAGAGGGGAAGATACATTCTGTTAGCATGAGCTCAAATTTCCAGGCACTGGAACTCTGGGTCAGCTCGCGCTCGGGAACTTATTTCAAAGAGAATTCCTTAACATTTACTCCAAGCGGTTTTAATACTGCTTTGTTGTGGTGTGGTGGCCGCGGTGGTGGTTTGGGTTTGGCATGGTTAAACTCTGGGACTCACACCACAGGCTAGCCAAGTACTCTTATCTTAATATTGTTTAGAAATTGAGACACAATGAATGCGTGCCCATTTTTAATTCCTGTTTGGTGGTCTTTTTAAACTTTCCAGAGTTTTTAAAAGAGAAAAATGTGGGGGTGAAAGTGGATCATTCCAAGCATTTTGCATCAGCTGTATGCTGGAGCAGTGTTGGGTGCTCTGAAGGCAGGCAGCAGCCTAAATGTGCTTCACATCCTTAGGCTGGGCAATAGTATAGACAGGGAGAGATAACAAGGACTGGGGCAGGGGCCAAATGGCTCTCATTTTCACTCCTAGCTTTTGGTCCTTTCCATAGTCTTAGAAATGCAAGCCTTCTCAGTGAGGCTGTAGAAAAACAAATGACCTAATCCTACCGTTTAAACAAACAAAACGACCTTGCTTTTAAATCTGAAATGCATGGCTCAGATCGGCAACAAGTTCTGTGCTTTGAAAGGTTCCTGTGTTTCCTTTTCGAAATGTTTGGCTGAGCCAGAAGTAGCGTTTACTAAATAGCCACGTGATCCTGAAGTTGGAATTTGGTTTGCCCTTCCTTCCATTTAGACTTGTCTGGGTTGCTAAGGATTTCAAAACCAGGTATTTGTGAGTTAGTAAATGGTATATCCAAAAGCAAAATAGGGCAGAGTGGAGGAAACTTTCCTCCAGTTGGGAGAGAGTTTGAAGTAGGGAGAGAAACTAAGCAGTGGGTGAAAGTCTGTCCTGCCACTGTGTTCTTGCACATAGGGTACTAGAAAATTCACTTCCCGGCCTGTGTCTCCTCCCTCCCCCCCCCCAACCCCCACCCCCAGCTTGGAAGCAAGAAGGAGTCAGAGCAAGATGGAATCATGTGGAGCTAGTTAGACATGGGGTGGCTCTTGGCCACTGGCAAGGCAAACTACCAAACCTGCAGAAAAATTAACACACACACATTGACGTCCCTGGCTCCATCCTTCTGCTGTGACCCACTCTCTTAGTCTGCTGTGACCCACTCTCTCAGTCTGCTGTGACCCACTCTCTTAGTCTGTCTGCTGACTTAGTGCATTCTGTGACTTAGCGGACACCATGATAGGTAGGATATAACTCCCCTCTTTTCCTTCAAAGAACTGTAGA
U3_D5 25483206 25486443 3238 AGACCACTGTCTCATAATGTTATGGGTTGAATACTTAAATTGTCCTTTTACTCGTAGGGGGGTGGTTAGTGCTGTCGATTGCTCTACTACTGCGCTTCATCCAGCCATGCTTACTATATGTTGAAATAAAAATCTCTCTCAATTGCCCAGATTGGCCTTGAACATAGAATCCTCCTGCCTTCCGTCTCCGCAGTAGCTAGGATTACAGACTTTGTGTCATTGTGATGGGCAGTGTCTCCATTTTCATTCAGAGGGGTGAAGTTCAGAAACTAGGACCGACAAGTCTTAAATCGGGCTGCTACACTCACAAGTGATTGTTCTTACTAAGATATGTAATGCATGTGTTGCCATGTCTTCTTCTGTCTCTTAGAAAAAGCAGACGGAGTTCTGAATGGAGACCATAACAAGGAAAAGAAAGACCCGTATTTTGTGGAAACCCCTTACGGTTTTCAGCTAGACTTAGATTTCGTCAAATACGTGGATGACATACAAAAGGGAAATACTATCAAGAAACTGAACATCCAGAAGAGGCGAAAGCCATCTGTGCCATGTCCAGAAGTCAGGGCCATACCTGGTCATCAAGGTGTGTGGACTTCCACTGAGTCTCTGTCATCCTCCAACAGTGATGACAGCAAGCAGTGTCCCAGCTTCCTGCTAGCCAGAAGCCACGTTACTTCAACCCCAATCCCACGGCCACCTGCCCCGCTAGAGACCTCACCCACTTTTGCTGTGTCAGAAAACCGACAGCTGCTGCCCCCTCCCTCACCACAACTCCCCAGGCACAACCTCCATGTCACCAAGACGTTGATGGAGACCCGGAGAAGACTGGAACAGGAGCGAGTCACCATGCAGATGGCACCGGGTGACTTCAGGAGGCCCAGGCTGGCCAGTTTTGGAGGCATGGGCTCCACAAGCTCCCTCCCGTCCTTTGTGGGGTCTGCTAACCACAGTTCTGCAATACACCAGCTTCAGAATGGCTACCAAGGCAATGGGGATTATAACAGCTACGTCCCAGCAGCTCCTACCACGTCTTCCATGGGAAGCTCCGTCCGGCACAGCCCATTGAGTTCAGGGATCTCCACCCCAGTGACCAACGTGAGCCCCATGCACCTGCAGCACATCCGAGAGCAGATGGCCATCGCCTTAAAACGCCTGAAGGAGCTTGAGGAGCAGGTGAGGACCATCCCTGTGCTCCAGGTCAAGATCTCCGTCTTGCAAGAAGAGAAAAGGCAGTTGGCCTCGCAGCTGAAAAGCCAGAGGGCCTCGTCCCAGAACGAAGCGTGCGGTGTGAGGAAACGCTCCTACAGTGCGGGCAACGCCTCCCAGCTGGAACTGCTTGCCCGAGCCCGAAGAGGCGGCGGGGAATTGTACATCGACTACGAGGAGGAAGAGATGGAGAGCGTAGAGCAGAGCACGCAGCGGATCCAGGAGTTCCGACAGCTCACGGCCGACATGCAGGCGCTGGAGCGGAAGATTCAGGATAGCAGCTGCGAGGTGGCATCAGAGCTCAGGGAGAATGGGCAGTGCCCGTCTCGGGAGTGCAAGTCTGTGGCCGTGGGTAGTGATGAGAACATGAACGATGTCGTTGTATACCACAGAGACTTAAGGCCCTGCAAGGATACGGCTGTGGGGACGGTCACCGAGACGAGGAATGTTGGCATCAGCGTGACAGAAGCTATGCTTGGGGTTATCACTGAAGCTGACAAAGAGATTGAGCTGCAGCAGCAGACCATAGAGGCCTTGAAGGAGAAGATTTACCGCCTAGAAGTACAGCTTAAAGAAACCACCCATGACCGCGAGATGACTAAGCTCAAGCAAGAACTACAGGCTGCCGGATCCAGGAAGAAAGTTGACAAGGCCACAATGGCCCAGCCACTTGTCTTCAGCAAGTTGGTGGAGGCACTGGTGCCAACCAGAGATCAAATGGTTGGCAGTCATGTGGACACAAGGGAGTCATGTGTTGGGACCTCTGTGCAAACTAGTAGCGTAGGCACCTCCTGCCATCCTGACTGCAAGAACCAAGTCGTGGGATCCGAGCTGCCCATGAATTGGTGGGTCGTGAAGGAGAGGGTGGCAATGCATGACCAATGCGTAGGGAGGTCTGTTGAGACTTGTGACCGGAGTGTGGGTGTGGAAGTCAGTGTCTGTGAAACAGGCAGCAACACAGAGGCTTCTGGGAGCGACCTGACACTCCTTAAGACAAACTTGAACCTCAAAGACGTGCGGTCCATCGGCTGTGGAGATTGTTCCGTGGATGTGATTGTCTGCTTCCCCAAGGAGTGCACCTCCCGAAGCATGAACACGGAGGCTGTAGGCCAGGAGGAAGCAGCTGTCATGGCGGTGCCCCATACCACAGACCAGCACACCAGCACGAATCTGGAGCGGGTGGACCAGTGCACTAACACAGAGGCAGCCACCCTGGTGGAGTCCTGCACCAACACTCTCCTCAGCACTATGGACAAGCAGACCAGCACCCAGACTGTGGAGATGCGAACGGTGGCCATCGGAGAAGGCCGCGTCAGAGACATCAACCCCTCCACTAAGACTCGGTCCGTTGGTGTCGGGACAGTGCTGTCTGGCAATTCTGAGTTTGACAGGCCATGTGCTGTGAAGACCAAAGAGTCGGGTGTGGGACAGATAAATATTCAGGACAACTATCTAGTTGGTCTCAAAATGCGGACCATAGCGTGCGGGCCTCCACAGTTGACTGTGGGGCTGATGGGCAGCAGGAGGAGCGTGGGTGTTGGGAACGAGCCCGTAGGAGAGCTCCCGGAGGAGTCTCCTCAGCCTCGGGTGGCGTCTGGAATGGTGACTGGCTTGGATCACTACATTGAGCGCGTGCAGAGGCTGCTGGCAGAGCAACAGACGTTGCTGGCTGAGAACTACAGTGAGCTGGCGGAGGCTTTTGGGGAGCCTCATTCACAGATTGGCTCCCTCAACTCGCAGCTCATCAGCACCCTGTCGTCCATCAATTCCGTCATGAAGTCTGCAAGCACCGAGGAGCTCAGGAACTCTGACTTCCAGAAAGCCAGTCTGGGTAAAACTACAGGTAAGCGGTACCCTCACCCCACACCCCGGGACCTGAGAATAAAGACTCGGGGAGACATAAAAGGAATAAGGATTTGCGTAGCTCAAGGCTCTGAAGACTAGGAAGCGCCAAGCATGGCACCAGCTTCCAGCAAGGTCTATTTTTCTCTGTCATAGCAAAGAATATGGTGAGATGGAGCAAGAATGCACC
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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: chromosome:NCBIM37:19:1:61342430:1, start 25483575: end 25486254
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
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Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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