High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by dk3
Valid After Annotation
yes
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 106830
Chr: 10
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-258C11 : RP24-220K10 : RP24-168N3 : RP24-375A6 : RP24-489N16 : RP24-380J12 : RP24-120M21 : RP24-472B13 :
Instance: Plate 121: Well E04: BACs RP24-375A6 RP24-168N3 RP24-258C11 RP24-220K10
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 40924453 40924502 50 GATAGATGAACTAGAGTTATAAGACAAAAGTTAGCAAACAAACATTGGAC
U5 40930136 40930185 50 ATGTACAAGATAGTCTCAGCCTTGTACGGTTAGGTTGAAATCAGCATAGT
U3 40930280 40930329 50 AGGCAATTCTGACCAGAAGCTATTGATAAATAAAGGTAGACAGGAGAGAT
D5 40930903 40930952 50 TTTCTCGAAACCTTTACTCACAGGTGAGCTTTGTAGGATCTGACATACAA
D3 40931046 40931095 50 TTAAATTTTAACCATAAGAAATTGAAGTTTGAAATTCCCCAGTGCTGACA
G3 40934485 40934534 50 CATACGTGGATCATATGGACGGATCGTACTCACTCTCTGCCTTGCCATTC
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 40650759 40650851 93 AAGCCAGGGCCAGTTGAGTGATGACTATGAATAGCCACCAGCAAAGGTATTACCATGGAACTGTGTCACGGAAGTTGCCCTTGTCTTTCTAAT
G5 40644259 40644308 50 GATAGATGAACTAGAGTTATAAGACAAAAGTTAGCAAACAAACATTGGAC
U5 40649942 40649991 50 ATGTACAAGATAGTCTCAGCCTTGTACGGTTAGGTTGAAATCAGCATAGT
U3 40650086 40650135 50 AGGCAATTCTGACCAGAAGCTATTGATAAATAAAGGTAGACAGGAGAGAT
D5 40650709 40650758 50 TTTCTCGAAACCTTTACTCACAGGTGAGCTTTGTAGGATCTGACATACAA
D3 40650852 40650901 50 TTAAATTTTAACCATAAGAAATTGAAGTTTGAAATTCCCCAGTGCTGACA
G3 40654291 40654340 50 CATACGTGGATCATATGGACGGATCGTACTCACTCTCTGCCTTGCCATTC
G5_U5 40644259 40649991 5733 GATAGATGAACTAGAGTTATAAGACAAAAGTTAGCAAACAAACATTGGACAGATGAGGCTGAATATTTTGTGTAATGTTAAAGGTTTGTGGCTCTTGTCCCAAAACACTCTCATTTAGTTGAAGACTCTCCAGTCGGATAAGTACAGAAACCATTCTGAAAAGGACGATCAGGTATATGTTAACATTGGAATGAACTGTAGATTGTAGGAACTATTCGTAAAAGGTAATCACAGATGCATTGTGACTTAAGGCAGGCTTGCTAGGTGAAGTGTAGACTGAGTTGCACCTGTAAGGAATGAATTTTGAGAAGGAGAAGAATAGAACTAAAACTGGTGTGCTCACTAGGAGACCAGGAGTGACTTGACAGAGTGTTAGATGGGAGGTGTTATGCCCACTTGCATAGATAGTGACGGTGGCTCTCGAGGGGTGGTCTAACGTAAGCACAGTGACCTTCAGATAGGAACACATTGGTTTCCCATTGTAACGTCATTCTTACCTCTCCCTGGAGACAAGAGAGGAGGTAGGTTTGAAATACAAGGAATACAAAGACAATGGATGGAATGGTATCATCTGAAATGTTGTGGCATTTAAACTTATTGGGGAGACTGCCATGGCCTTTGAAAACCTGTTGACAAGCTGTGGACCCTCTCTCCAGAAAAATACAAATGTATCTATCACTGTTAAATTTTCTGTTGCTGTGATAAAATGCCTTGGTCATAAGCAGCTTCGGGGAAGAAAGGGTTTATTTCAAACTTACAACTCTGATATCACACTCGATCCACCGCAGAGGGAATTCAGGGTAGGCACTCAAGGCGGGACTTGACTCAGAGGCCATGGAAGAGTTGCTCCCCGTTGCTTACTGAGTCTGCTTTCTTATAGCACCCAGGACCACCCAGCCCAGGGGTGGCCCCACCCACAGTATGGACCTTAAATTATCAATCATCAATAAAGAAAACACACCCCACCAGACTGGTTTGTCTGGTAGGGGCCATTTTCTTAATTGAGGCTCACTCTTCCCAAATGATTAGCTCATGTCAAGGTATCATAAAACTAGCCAGAGCAGCGCCTAAAAACCTCATCATTTCAGGCACATGCAAAGTATAAAAGGCTCCTTGTCTTAATATGATCTCTCTTAGAAGTGAAGGAGTATTTTTCATCTCCATGTCTCTAACATTTATACCCAGGTCATTTCTTAAATCAGTGGAAAGCTTCGTAACTGCATGGTCTCCCATCTGGGATGATGCTTTTATCTGCCGGTAAACCGGATCTGTAAACACCCCGTTAGACGTCTCCCTCTTCTCTGGCTCAGACTAAGATGCCCTGTTGCTCAGTCTTACTTTGTACTGGGTTGCTACCAGGCATTTTGTTGCTTATGCCTTCTCTTCTTAAAACTTCGTTGAGACAGATACTTTTATTCTTATTTAACAGTTGAGGGGATTGGTGCCAATGTCTCACCGTGAATGGAATCAAGATTTGAACTTAATCTGCTTTCTAAATTGCTTCCCATATTTATTTAAACATTATCCTTGTTTAAAATTTGTGAACTTCAGGAGATTTCTGGTTGTTTCTGGCTTATACTTTTTGGTAATAAGGATGTACAGGACTAGAAAAAAAATGGAAGAATTTTAGCTTTTTGATGATCTTAAAAGAATGATGATAAGAGGAGGTAACATGTCTCTACTAAGTGTTGGTTCTGTGGCTTCTGAGACAGTAGCCTGTCTTGATTCTGACGTCTGGCTTGAAGCTCAGCTCGTGCAGAGTCTGTAAATGCTGATGCTGATTACGGGTGAAAGCATGTGTTACTTGTGTGTTGGAAGGTAAGTATAGAGCATATGAAGTCTTCCTGTTGCAGACCCGAGTCACCAAGGCAGGGTTTACGGTCACTGCTCCTCGGTGTGCGCGCCCCTGAGATGCTGAGCAGCGTGAGGATAGGGCTTAAAGTTTAAGTTAGTGCCAAATGCAACAGACAGTGCCCTTAGCTGCTAAAGTGCTTGGCAGGTACATTCATGGCGTGTTTCGTTTTTGCTTAGGTAAGTATGCTGAAGACATATTTGGAGAATTATTCAATGAAGCACACAGTTTTTCCTTCAGAGTTAACTCGTTGCAAGAGCGCGTGGACCGATTGTCTGTTAGTGTCACACAGCTTGATCCTAAGGAGGAAGAACGTAAGTTTCCACTTTCTGTATTTTCCTTTACATTGCATTAACACAGCAGAGATGAGAGTGTTTCCCAATAATATTAAGTGTGAATATACAGTCTACCCCGACCTTTGTGTCTGTGCAGAAATAAATCTATGTATTATCTGTAAGAGTGCTCAGCCTGGCTTTCCATTTCTCCATAAAAAAACATCGTAATAAAAAATGGAAAAAAAAAACATCGTATTGTGTATACTATCCATCTCTTGATTTTTTTTTTTTGACATAAAGACATGTTAATTAGACTCTTTAGTTCTTTCTCCCTTAGTCTTTTTGTACTTCTTATCTGAGAAAGTAAAGTTATGTGAAAAGTATCTAAAATCTTAAGGTTTGTAATTTCTTTTCTGAGCCTTTGTGTAGTTTTGCTGAACCATTGCTTCTATAGGTAATCGACTGCTACTGCCTGTTTTAAATGAACATTTCCCTACCCCACCCCTCCCAAATTGTTCTATGTTAAGAATAAAACAGAAATACCAGGATTTTGTTCTGTTTTCACTTTTTGTTTTCTTAACACTGCTATTTAGTAATGGTAGAAATTTTAGTGGTAAAAGCAGACTTCATGCTTCAATAGATATCTTGCATGTTAATAGTTATTTGTTTAAAAAATGCCTTGAAAAAAAGAAAAGAAAAAAAACTACAAAAAATGCCTTGAGATGTTGATAATTCACAAATTCCTTTCCTTTTTTAATCCATAAAAAAAGGAAACTAAGAATATAATGTTCACTTCTAGGCTGTTCTATAGGTTCTCAACCTCCTTAATGCTGTGACCCTTTAATACAGTTCCTCATGTTATGGTAACCCAAATCACAAAATTATTCTTAGTGCTACTTCATAATGGTAATATTGCTACTATTATGAATTATCATTCATTTGGAGACAGAGGTCTGTCACAGGTATGCAACAATGGGTTGAAAACCACTGCTATAGAGACTTGTTTCTTATGAATTTTTCATAATATATTCATCAATTTTTTTTCTGAATAACATCTTTAGTACAAATTCAAGTTATAGATCTAAATTTTTTCCCCTTCCTTTCTCCTTCTTGATCTGGCCCCTGCTCACTCCAGCCCCTAGATCTAAATTTAAACAATGAAAACAAAGGATATTCTAGAAGCAGAGTGTAGAATGTTTGGATAAATGTATTGATGATTAAACAAACTCCTTTTGACATAATGTAATAAGTATTTACTACTCTTTAACTTATCACACCCGTTAAAGTTGAGAAACAGTTCAGTGATGTCATTTTAGCATATTTAGCCAAGTTTTATTGGTACAGTCAGTGTTAGAACATTTTTAGCATACCATAAAGAGGTTCCGCTCTGATTTCGTCTCTCACCCACCCATGGCTTCTCACTGATCTTCCGCATCTCTGATTCCCATATTCTGGACGTGTCCTATGAATGAATGGCATAGCGGTCTCCTGTGGCCAGGGCATCTTCCGCTTTATTCTTAAGATCCTGATGGCTAATGGCATTGAGATTAGAGCCCTGTGTATATTTTCTTGGAGAAATATCAATTCAGTTCTCCCCCCGAGTTTTTTCTTCTAAACCCTGTCCATTTGCCCATTTTAAGATTAAATTCTCTTTTTATTGTGATGTTGTAAGAGTTTTGTTGTATTCTAGGTCAAACCCTCTGTCACATGTCTGTTTTGCCTTTCTTAGAGGTTTCCTTTGAAGTATGTTTGCATACATTTAATCACGTTCCTTAAAATTCTTGAAATACATCTTTAATTGTTACTGCTGAGAAATACATTGTAATCATAAATACCTTCAAATCTAATTTATGCCAATGTTTTCTTTTTAATATCTAGTTGTAAATATATGCTAGTAATAATGTTTGTATGAATTCAGTTTCATATATGTGTGTGTGTGTATGTATATATATATATATATATATATATATATATGTATATATATATGAACATTTCATTTCAAAATACTATTACTTTTAAAATATTGCATCTATTGATTTTCTTCCTTGGCAGTTTCATTTATTTTCTGACTACTCTCATACTGATAAGTGCTAATAAATGCCTTAACATCATTAGTAAACTTCACAGTAAAAGTGTAGATGCCAGTAAATGATTAAAGGTAGGAGTGTCTTAGAATTATGCGTAACTTGCTTTATTTTTTCTGTTATTTCTTTAAAATACACGAAACATGGAGAAAAAGTCTAAATCTAAAAGCCAAACTCTTGTTTTGGAATTGTTTTGTGGAGATTTGTGATTCAATTTGGGTTTTGAAATGTAGAGGGAGTTCAAAGAAAAGAACATGAACATATAATTAAACTACAGAGTATAATAAAGGTATTTTGTATTATCTTTAAGTGGTAGCAACCGAGAAACTGCCAATCTAATTTAGAAAATGTGTAAGAATGTTATAAAAATTTATACAATTATATTTAATTCAATTTTGCTTACAAGCACATTGAGCTAACATACTTACCATGCGTATAATACTGTTGAGGTAGTGTGAGATGCTGTTGAGTGGAAGGGGCTGTTGTCGCAGTGTCTGCTTTGTCAGTGGGATGACACAGTGAGGAGCTGAAGCCAGAACAGTTCTTCTCTCTTGCATGTGGTTTTTTATCCTTTACCAAAACGGCTTTGGGCATTTGGCACCCGGCTCTGTTTTGGTTCATAGCTGCTAAGTAGAGAGAGGGGTTGGCACTGACTGATCCATTACCCCAAGCACAGGCCACTTCTGGTAGCCTGAAAACAGTGTTATGGTAAGAATCAGCCTCAAGAACAGATCTGAGTTTTCAGTTCTGGTGAGCTGCTTAGCCTCCATTGTTGAGCCTGCTGTGTGTTTTATAGCTTGTCTGTATTTAAAGATGGAATGGCAGTTTCTCTTCACTGAAGTGCTGAGAGGTTAAATGTCATGAAAATTAGTGAAAGCACCCATCACGGAGAGAACCTACTCATTATCTCCCGAACCACTCTCTGCTGATGGTGGGGGAAGCTCTGAACTCTGTGCTGATGTTTGTAGGTATGTCACGACAGGAGCGTGGGCCTGTTGAGATGCAGTTCTGCTGTGACCGTGCTTGTAGAGCAGTACCATTGCTCCCCTGTGACATGCAGACTCCTATGTCCATGAATTGGCCTTAAAAAATGTTAGGGTATCTTAGGGAAAATGATTGAAAATTATGACTGATTACTGACATTGCTGTGGATATTGTATTTGTATACTTACAATACAAATATATATTCCGTATACAAGGTCGTTTCTTCTTTTGATTTTGGTTTTATTTTGACTCTAAATTAGTCTTGGAATGTGTGGCAAATTTGCCCTCCCCTCCCAAGTGTTGGGAGCCATCATACTGGCTTTGCCCAGTGTTTTAATGTGAAGAAATCACTCTTAATATTAAAACTACAGTTTGGATGAATTTTGATGTAAACCTTATTTGAATATTCTGGAGAGCACAAAAGTAAGCAAAGCTAGTTTTAAATTATCACGGATGTGATGGGGCTCTGCCAGTTACCGCAGATACTAATGTACAAGATAGTCTCAGCCTTGTACGGTTAGGTTGAAATCAGCATAGT
U3_D5 40650086 40650758 673 AGGCAATTCTGACCAGAAGCTATTGATAAATAAAGGTAGACAGGAGAGATGGCAGAAAAGTACAGAGGTTTATGTCGGGTGGGCTGGGCAGGAGTAGCCAGGAGAGAAAGGAAATATTGGTGGGAATGCGACCTAATGCTTCAGAGCTTGTGAGGACAAAAGCTGCATTAAAACTCATCTGGAAGATCAGGCAGGGAGTGACAGGGATAAACACGATAATAAAATGTTTACAACGACTCCTGATTTAAGGCACACAACCTTTGGGGCACACTAGCTTTATGCAGTACTAATATGTCATTCGGCTGAGTTGTCTTAGAAAAACAAGACGAATCTGTGGTTTTTTTGTTTCAGTGTCTTTGCAAGATATAACGATGAGAAAGGCTTTCCGGAGCTCCACAATTCAAGATCAGCAGCTTTTCGACCGCAAGACGTTGCCTATTCCATTGCAAGAAACATACGATGTGTGTGAGCAACCTCCGCCTCTCAATATCCTCACCCCTTACAGGTCAGCAGATAAGTTAACCCTGCTGTCTGCCTCACACTCCGCGTTTACGGGCTTGATTCACGCAATTTGTAATTGCTTTTGAGTCTAGCTAACAGAGAGGAGCCTTCCTACCTACTGCTTTCTCGAAACCTTTACTCACAGGTGAGCTTTGTAGGATCTGACATACAA
D3_G3 40650852 40654340 3489 TTAAATTTTAACCATAAGAAATTGAAGTTTGAAATTCCCCAGTGCTGACAGACAGCTGTCTGTTCCCAGTGTGTACATCTGCCCTGGCTGCATAATGGATATGTTAGGTTTTTAATACTTTCCACCACTTACTCTGATGAAGTCTGGAATGACTCAGTTTCTTGGAAATTCTTTCCCAGGGTTTGTTAAATAGGCAGTTTAAGACGTACAGCACACATCCTGGGGGGAAATGATATTGAAATTGTTGTTGGAAGCTGTAGTTCAGCATGCATGTTAGTAACTGCTCACACTGAGCTGAAAGTTAGGAAACCCCTTTGGATTTGGTAAGATAGCGAGTTGGTAGCACACCAGTGGAAACGGGAAAGGCTCTCTGTTCTAAGCGATGCTCCTGCTTTCCAGACTTTGTGATTTGGCAGAAGTATTTCTAATTATTGAATTTCCCAAAGGACTTGGAAATTTAGTATTCAGGAAAGATGGGCCCTACAGTTGGGCAACAGTGTTTAACACTATTAACCAACCCTGAAAGGCGTCTGCTTTTCCTTTTTTCATAGTTTCCTTTCTGATTTATAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAAGAAAAAAACTGTATTAGTATAATACTCTATTTTGACAATATTTATTTATTTTGATACACAATCTCCTTATGTCACCTGGAGTGGCCACAAGCTTGTGACCTTTTCGTCCCTTGCCTTGAGTGCCAGGGTCACTGATATGCTCCCTGCCTGGCAAGGCACTCGTGTGCACATGCTGTGTGTGTGATGCGCTGTCACGGAGGGAAGCACACTTCAGTGGTAAGCATTGGTCTGCTTGTTTCTCTGTCTCACCTAATACACTGTTGGGCGTGCTGTTTTCCAGGGATGATGGTAAGGAAGGGCTGAAGTTTTATACCAATCCTTCATATTTCTTTGATCTGTGGAAAGAAAAGATGTTGCAAGATACAGAGGACAAGAGGAAGGAAAAGAGAAAGCAGAAGGTATTGTAGAAGTTACTTTTTCTGTATTCCCGTGTTGTCGCTCCCTGGAAACGCTGTTAATCTGCACTTTGGCAGCCCTGCTTTGTTGGGTCCGTGCATTAAAGTCCTTATAATTACACAGATCACTAGAGAGTGTCTTGCAGATGTGAGTAAAGTTGATAAATGAAGCCACTGTGTTTCTGCCACACCACGTGGCCTAGCTGTCTTCAGCAGGCTACTGTCTTCTCTTTCCTTTTGCTGGCCTCTTGCGCTTTACTTCCCACTTTGATAAGATTTTCCCGAATCTGCTTGATTTCATATTTTAAATCTGATGATTGTACAAGCATGTGGAAGGAGGACGAGACAAGTCTTATTTTGACACAGTCTGTCTTCACCATGTCTGTCTATCTCCGCCTTCCTCAGTCCCCATAATACCCTCTTGTTGCATGGGAATGTGCTGGACAGTGCCCTTGTGTTCTAGCTGGGGTTTGCAGACTGGTGACTGGCAGGCCAGAGTGCCCCTAAACACAGGTTTTGGTTGCTAAGCACAAGGGATTTAAAATTGTGCTTGAGGTAGAACTCCTGTCAACTTCATAGCATGCCCCATCTTAGACCTGACAGGCTTTTTGTTCATGTGTCACCTGCTTTGTCCCTACCTTCTCCGGGCCTTTCTACACTGTCTCCCCTGATTTTAGTCTCTGGCCATTTCCCATACAGATGTTTTCTTGTCTTAGTTGTTTGACTGGGGGTTGACAGTTCCATCCTTGGTAAAGCATTGATACGTAGTAAAAGTAGGTCTAGGAGTGAGGATCAGCGACCTTTTCCATCCAGAGGACTTTCCGCTTTAAACCTAGGCACACACTTTTTGTATCTGAACTCTCAGTGTGAAATTGAGTTGCTAAACCATGGTGAGAAACTGGGACCACAGTGACCTCTGATCAATTTTAACTCTGACTGTACAGTAAAATGGGTCTCTGTTTTGCTATATTATCATGGCATTGCCGTTTTCAGTAGTGACCTTAGAGTTTTATTTTGTCGTAACTTCCTTCTAAGGATTTAGCATTTCACCACTTGGCGTTGTTTCATTATGTCTGTTATAGCAGAAAAATCTAGACCGTCCTCATGAACCAGAGAAAGTGCCAAGAGCACCTCATGACAGGCGGCGGGAATGGCAGAAGCTGGCCCAAGGTCCAGAGCTGGCTGAGGATGACGCTGACCTCCTACACAAGCATATTGAAGTTGCCAATGGCCCAGCCTCTCATTATGAGACAAGGTTTCATTTTTTTCTTTGTTTGTTTGTTTTTCTAGTGAATGATAAACATTGGATCTACCTGTAATACCTATACTTCTGTACTAGCAAGTCTCGGCTTCTGGACTGTTGAGTTCTAAATTTTGAACTTCTAAATTCTAACTCCCTTGGGCAGGTCATTTTCATATTTGGACTTTTTGTTGTCATTTGTAGGAAAAAAAAAAAGGTTCACAGTGTATACTTTTCTGGTTTGTTTTAGCTTTTATGTAAAGGCTTAACTACCCCCTAGTATTTCAGGTAAAGTGTGTTAGAATGCTGTAGTACAGTGTGTCTGAAGTACTTCTGAGGTGTTGATTTTCACTGCATATGCGGCAGGGGTTAAGAAGAGGTTTGATTTTGTTCTTTCTCTGTCCTCTGACTTCCTTTCTTTTCCACGTCCCTAAATTCAGGTGTGTCAGGGATTTCAGACAGAATTCCTTACTTTCTTTTACAGACAAGTGGGCTAGATCTGGGTCCTTTCTCAGTGGCCAGGAGCCCTATCTAAGTAACAGACTACCATAACAGACATACTTCCAAGCTTCTGTGAAAAAGCTATGTGTATTTTTATCATACTGATTTTATTGGAAAATAGCTTAAAATTTTCTTTTGAAAACATATGAAGTCTTGAGGCATAATTGAAATATTGGGGCCTATTTTAAGAGAGTACGTATCTAAGAGGTACCATCTAGCTACTTTACTTAAAGAAACTGAAAGAATGGAAATTGGAAAAAAAAAAAGCTCTTGTAGGCATTTGTGCTTAGGTGAGGTCTGGCCTGTTGACAGTGTGAGTTGAGAACCTTGTGACACGCACTGTGCACGTCTGTTTAAAAAAGCTCTGCTCCCAGCGTGTGCTGCGGTCAGTAAACCCAGATTCTCACGTGCTCACCTAAAATCTTGGTTTATGTAAATTTCATGTTGCTGTGTCTCAGCTGTATTCTGAGTTTTCTTGCCTCTCTCTGACTCTAGGAGCAAGTTTTCTTGCTCTTACTCCAAGACTTTTGAAAGCCATTAGTTTAAGAAAACACAATGTCCACGTGGTAGTAAGTTCCATTTTTATACTTTCCTCATCGGTCATTGGTTAAAACAATTCACACAGAAATTCACGACTGCGTTCAAGAGACTGACTGTCAGTGCAGCGATTCTAACAGATGCACTAATGCTGTGTATTTCTTGAAGGCCACAGACATACGTGGATCATATGGACGGATCGTACTCACTCTCTGCCTTGCCATTC
U5_15 40634943 40649991 15049 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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
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AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
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Found 8 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
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DESIGN COMPLETE
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Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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